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Results for CNB 238158

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

238158_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9940/1-85        GTGATAAACTTGCTCCCTCGCCATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCTGCCCAACTTTATTC
238158_ENSRNOG00000001578_RAT_9852_9936/1-85       GTGATAAACATGCTCTCTTCCTATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCCGCCCAACTTTATTC
238158_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7509/1-85 -TGATGAAGTCCCTCCACCTCGATTGGCCAAGCTGGTCACATGGTAGGCTAACTTTATTC
238158_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9858_9940/1-85     -TGATAAACATGCTTTCTTCCTATTGGCTGGCCTGGTCACATGGCCGCCCAACTTTATTC
                                                    **** **    **      * ******    ************  * * **********


238158_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9940/1-85        AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCCCT
238158_ENSRNOG00000001578_RAT_9852_9936/1-85       AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCCCA
238158_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7509/1-85 AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCTTT
238158_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9858_9940/1-85     AGTTGACAGCAAGTAGGAGGGCCC-
                                                   **********************   


//

238158.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 85
 Mean pairwise identity:  83.50
 Mean single sequence MFE: -27.33
 Consensus MFE: -17.67
 Energy contribution: -18.80
 Covariance contribution:   1.13
 Mean z-score:  -1.81
 Structure conservation index:   0.65
 SVM decision value:   0.25
 SVM RNA-class probability: 0.654797
 Prediction: RNA

######################################################################

>238158_ENSG00000170166_HUMAN_9856_9940/1-85
GUGAUAAACUUGCUCCCUCGCCAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCUGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCCCU
..............(((((((((((((((.....))))).)))))(((.(((((......)))))...))).....))))).... ( -25.70)
>238158_ENSRNOG00000001578_RAT_9852_9936/1-85
GUGAUAAACAUGCUCUCUUCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCCCA
...........((((((((.((...(((.((((((....)).)))))))(((((......)))))......)).))))))))... ( -28.60)
>238158_ENSDARG00000010540_ZEBRAFISH_7426_7509/1-85
UGAUGAAGUCCCUCCACCUCGAUUGGCCAAGCUGGUCACAUGGUAGGCUAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCUUU
....((((.(((((((((..(((..((...))..)))....)))..(((((((......))))...))).....)))))))))) ( -26.90)
>238158_ENSMUSG00000042464_MOUSE_9858_9940/1-85
UGAUAAACAUGCUUUCUUCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCCC
..............((((((((((.(((((((((....)).))))...(((((......)))))..))).))))))))))... ( -28.10)
>consensus
_UGAUAAACAUGCUCCCUCCCUAUUGGCUGGCCUGGUCACAUGGCCGCCCAACUUUAUUCAGUUGACAGCAAGUAGGAGGGCCCU
...............((((((((((.(((((((((....)).)))....(((((......))))).)))).)))))))))).... (-17.67 = -18.80 +   1.13) 

238158.rnaz

RNAalifold consensus structure

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