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Results for CNB 234029_27-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892     AAATCA-TCTTCTCCTG---TCCCAGGCCTATCTCTAGTCCAGCCAGTCTCACATGGAGT
234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892       AAGTCA-TCTTCCCCTG---CCGTGGGCCTCTCTCTAGTCCAGCCACTCTCACATGGAGT
234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892 GAGCCACTTAAGTCCAGAGCTTCTATTGCTTGCTCAAGCTCTTCATCCCGGCCTACTACT
234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892       AAGTCG-TCTTCTCCTG---CCACCGGCCTGTCTCTGGTCCAGCTAGCCTCACAGGGAGT
                                                      *  *  *     ** *           **  ***  *  *  *    *   *    * *


234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892     GGCC-TCTACGACAAGC-CTGCCCGCACCATTTATAAGTTGTC------------CTGAA
234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892       GACC-TCTACAACATGC-CTGCCCGCACCATTAATAAGTTGTC------------CTGAG
234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892 GACCAGCCACTAGATTCACACCCTGTTGCCTCTGGGACTAATCCATCCACGCCGTCCATT
234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892       GGCC-TCTAAAACTGGC-CGGCCCACTCCATTTGGAAGCTGTC---CCGGGTTTTCCGTG
                                                     * **  * *  *    * *  **     * *     *    **            *    


234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892     ATGTCCTCCTGGCCTGTGGCCTCCCGAATAGGCTGGACCAACAGCCGGGGGATGAGTGGA
234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892       ATGTCCTCCTGGCCCGTGGCCTCCTGAATAGGCTGGACCAACAGCCGGGGTATGAGTGGA
234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892 GTGGTTTCAAGGGGTGGAATCTGCC--ATGTTGT-AACATTGACACGTCCAAAGTGAGGA
234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892       AAGTCCTCCCGGCCTGTGGTCTCCTGGATGGTCTGGACCAACAGCTTGGGGATGAGGGGA
                                                       *   **  **   *    ** *   **    *  **    *        * * * ***


234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892     GGTTCAGGGGCCAGGGCAGGAGATCCAGCCAGGCGTTGGGGGTGTGGCTGATCAAATAGC
234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892       GGTTCAGGGGCCAGGGCAGGAGCCCCAGCCAGGCGTTGGGGGTGTGGCTGATCAAACAGC
234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892 GGTTCTGGAGGTGCATACTGGTAAAGGGCAAGACGAGGTGGGTGGGGGTGGTCAAACAGT
234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892       GGCTCGGGGGCAAGGGCAGGAGCCCCAGCCAGGCGCTGGGGGTGTGGCTGATCGAAGAGC
                                                     ** ** ** *         *       ** ** **  * ***** ** ** ** ** ** 


234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892     TGTACCACGCCATAGCTGGTCAGATGGGTGTGAGCGTCCACCAGGTGCAGACACACATTC
234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892       TGTACCACGCCATAGCTGGTCAGATGGGTGTGAGCATCCACCAGGTGCAGACACACATTC
234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892 TGCACCACTCCGTAGCTGGTGAGATGAGTGTGGTTATCTACCAAGTGCAGGCAGACATTC
234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892       TGCACCACCCCGTAGCTGGCCAGGTGAGTGTGGGCGTCCACCAGGTGCAGACACACATTC
                                                     ** ***** ** *******  ** ** *****    ** **** ****** ** ******

234029_27-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  66.95
 Mean single sequence MFE: -118.98
 Consensus MFE: -62.83
 Energy contribution: -63.51
 Covariance contribution:   0.69
 Mean z-score:  -1.55
 Structure conservation index:   0.53
 SVM decision value:   0.47
 SVM RNA-class probability: 0.750696
 Prediction: RNA

######################################################################

>234029_ENSMUSG00000045374_MOUSE_1538_4188/1-2892
AAAUCAUCUUCUCCUGUCCCAGGCCUAUCUCUAGUCCAGCCAGUCUCACAUGGAGUGGCCUCUACGACAAGCCUGCCCGCACCAUUUAUAAGUUGUCCUGAAAUGUCCUCCUGGCCUGUGGCCUCCCGAAUAGGCUGGACCAACAGCCGGGGGAUGAGUGGAGGUUCAGGGGCCAGGGCAGGAGAUCCAGCCAGGCGUUGGGGGUGUGGCUGAUCAAAUAGCUGUACCACGCCAUAGCUGGUCAGAUGGGUGUGAGCGUCCACCAGGUGCAGACACACAUUC
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>234029_ENSRNOG00000003243_RAT_1679_4322/1-2892
AAGUCAUCUUCCCCUGCCGUGGGCCUCUCUCUAGUCCAGCCACUCUCACAUGGAGUGACCUCUACAACAUGCCUGCCCGCACCAUUAAUAAGUUGUCCUGAGAUGUCCUCCUGGCCCGUGGCCUCCUGAAUAGGCUGGACCAACAGCCGGGGUAUGAGUGGAGGUUCAGGGGCCAGGGCAGGAGCCCCAGCCAGGCGUUGGGGGUGUGGCUGAUCAAACAGCUGUACCACGCCAUAGCUGGUCAGAUGGGUGUGAGCAUCCACCAGGUGCAGACACACAUUC
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>234029_ENSDARG00000018072_ZEBRAFISH_4044_6930/1-2892
GAGCCACUUAAGUCCAGAGCUUCUAUUGCUUGCUCAAGCUCUUCAUCCCGGCCUACUACUGACCAGCCACUAGAUUCACACCCUGUUGCCUCUGGGACUAAUCCAUCCACGCCGUCCAUUGUGGUUUCAAGGGGUGGAAUCUGCCAUGUUGUAACAUUGACACGUCCAAAGUGAGGAGGUUCUGGAGGUGCAUACUGGUAAAGGGCAAGACGAGGUGGGUGGGGGUGGUCAAACAGUUGCACCACUCCGUAGCUGGUGAGAUGAGUGUGGUUAUCUACCAAGUGCAGGCAGACAUUC
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>234029_ENSG00000167716_HUMAN_7345_10000/1-2892
AAGUCGUCUUCUCCUGCCACCGGCCUGUCUCUGGUCCAGCUAGCCUCACAGGGAGUGGCCUCUAAAACUGGCCGGCCCACUCCAUUUGGAAGCUGUCCCGGGUUUUCCGUGAAGUCCUCCCGGCCUGUGGUCUCCUGGAUGGUCUGGACCAACAGCUUGGGGAUGAGGGGAGGCUCGGGGGCAAGGGCAGGAGCCCCAGCCAGGCGCUGGGGGUGUGGCUGAUCGAAGAGCUGCACCACCCCGUAGCUGGCCAGGUGAGUGUGGGCGUCCACCAGGUGCAGACACACAUUC
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>consensus
AAGUCA_UCUUCUCCUG___CCCCAGGCCUAUCUCUAGUCCAGCCACCCUCACAUGGAGUGACC_UCUACAACAUGC_CUGCCCGCACCAUUUAGAAGUUGUC____________CCGAGAUGUCCUCCUGGCCUGUGGCCUCCCGAAUAGGCUGGACCAACAGCCGGGGGAUGAGUGGAGGUUCAGGGGCCAGGGCAGGAGACCCAGCCAGGCGUUGGGGGUGUGGCUGAUCAAACAGCUGCACCACGCCAUAGCUGGUCAGAUGAGUGUGAGCAUCCACCAGGUGCAGACACACAUUC
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234029_27-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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