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Results for CNB 226555

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 CCTGTCATCTATATATACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAACAGACGCACAG---TCAC
226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    -CTGTCTTCTATATCTACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAAAATCATTAAAGCAATCAC
                                                   ***** *** *** *************** **********  *        *   ****


226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 AAATTCGTATCTAGGGGAGTATGTAGTTGATGTATAGGCT
226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    AAATTCGCTTCTAGGGGAGTATATAGTGGATTTATACAC-
                                                  *******  ********* *** **** **  ** *  * 


//

226555.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  81.80
 Mean single sequence MFE: -33.67
 Consensus MFE: -31.65
 Energy contribution: -31.34
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -4.84
 Structure conservation index:   0.94
 SVM decision value:   3.16
 SVM RNA-class probability: 0.998613
 Prediction: RNA

######################################################################

>226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100
CCUGUCAUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAACAGACGCACAGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAGUAUGUAGUUGAUGUAUAGGCU
(((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((....).(((.....)))))))))))).))))).))).)))))))...)))).))))).. ( -40.00)
>226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100
CUGUCUUCUAUAUCUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAAAAUCAUUAAAGCAAUCACAAAUUCGCUUCUAGGGGAGUAUAUAGUGGAUUUAUACAC
..((((.((((((((.((((.((((..((((((((((...................))))))))))..)))))))))).)))))).))))........ ( -30.11)
>consensus
_CUGUCUUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAAGAAUUUUAUAG___UCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
...((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...................)))))))))).))))))))).)))))))).))))......... (-31.65 = -31.34 +  -0.31) 

226555.rnaz

RNAalifold consensus structure

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