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Results for CNB 226555-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      AGTGTTTATGTCAACTACATATTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CCACAAAATTCCT
226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     AGTGTTTATGTCAACTACATATTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CCACAAAATTCCT
226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 AGCCTATACATCAACTACATACTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CTGTGCGTCTGTT
226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    -GTGTATAAATCCACTATATACTCCCCTAGAAGCGAATTTGTGATTGCTTTAATGATTTT
                                                   *  * **  ** **** *** *********  ***********   *        *  *


226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      TACACAAATTCGGATCTACAGGGTATATACAGAAGACAG-
226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     TACACAAATTCGGATCTACAGGGTATATACAGAAGACAG-
226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 TACACAAATCCGGATCTACAGGGTATATATAGATGACAGG
226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    TACACAAATCCGGATCTACAGGGTAGATATAGAAGACAG-
                                                  ********* *************** *** *** ***** 

226555-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  81.80
 Mean single sequence MFE: -23.97
 Consensus MFE: -19.49
 Energy contribution: -21.98
 Covariance contribution:   2.50
 Mean z-score:  -2.84
 Structure conservation index:   0.81
 SVM decision value:   2.72
 SVM RNA-class probability: 0.996574
 Prediction: RNA

######################################################################

>226555_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))). ( -26.99)
>226555_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))). ( -26.99)
>226555_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100
AGCCUAUACAUCAACUACAUACUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACUGUGCGUCUGUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAUAUAUAGAUGACAGG
..(((...((((...((.((((.((..(((((.((.(((((((.....((....))...))))))).)).)))))..)))))).))..))))..))) ( -21.70)
>226555_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100
GUGUAUAAAUCCACUAUAUACUCCCCUAGAAGCGAAUUUGUGAUUGCUUUAAUGAUUUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAGAUAUAGAAGACAG
.............((((((.((.(((((((..((.(((((((...................))))))).))..)))..)))).))))))))....... ( -20.21)
>consensus
AGUGUAUAUAUCAACUACAUACUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGA___CCACAAAAUUCCUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG_
.........(((..(((.((((.(((.(((((.((((((((((...................)))))))))).)))))..))).)))).)))..)))... (-19.49 = -21.98 +   2.50) 

226555-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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