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Results for CNB 226514

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

226514_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226514_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    -CTGTCTTCTATATCTACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAAAATCATTAAAGCAATCAC
226514_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8510/1-100     -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226514_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 CCTGTCATCTATATATACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAACAGACGCACAG---TCAC
                                                   ***** *** *** *************** **********  *        *   ****


226514_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
226514_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    AAATTCGCTTCTAGGGGAGTATATAGTGGATTTATACAC-
226514_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8510/1-100     AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACAC-
226514_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 AAATTCGTATCTAGGGGAGTATGTAGTTGATGTATAGGCT
                                                  *******  ********* *** **** **  ** *  * 


//

226514.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  81.60
 Mean single sequence MFE: -33.67
 Consensus MFE: -31.65
 Energy contribution: -31.34
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -4.85
 Structure conservation index:   0.94
 SVM decision value:   3.17
 SVM RNA-class probability: 0.998649
 Prediction: RNA

######################################################################

>226514_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>226514_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100
CUGUCUUCUAUAUCUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAAAAUCAUUAAAGCAAUCACAAAUUCGCUUCUAGGGGAGUAUAUAGUGGAUUUAUACAC
..((((.((((((((.((((.((((..((((((((((...................))))))))))..)))))))))).)))))).))))........ ( -30.11)
>226514_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8510/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACAC
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))....... ( -32.29)
>226514_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100
CCUGUCAUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAACAGACGCACAGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAGUAUGUAGUUGAUGUAUAGGCU
(((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((....).(((.....)))))))))))).))))).))).)))))))...)))).))))).. ( -40.00)
>consensus
_CUGUCUUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAAGAAUUUUAUAG___UCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACAC_
...((((.((((((((.((((.(((((.((((((((((...................)))))))))).))))))))).)))))))).))))......... (-31.65 = -31.34 +  -0.31) 

226514.rnaz

RNAalifold consensus structure

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