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Results for CNB 226470

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100   -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    -CTGTCTTCTATATCTACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAAAATCATTAAAGCAATCAC
226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 CCTGTCATCTATATATACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAACAGACGCACAG---TCAC
226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     -CTGTCTTCTGTATATACCCTGTAGATCCGAATTTGTGTAAGGAATTTTGTGG---TCAC
                                                   ***** *** *** *************** **********  *        *   ****


226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100   AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    AAATTCGCTTCTAGGGGAGTATATAGTGGATTTATACAC-
226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 AAATTCGTATCTAGGGGAGTATGTAGTTGATGTATAGGCT
226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     AAATTCGTATCTAGGGGAATATGTAGTTGACATAAACACT
                                                  *******  ********* *** **** **  ** *  * 


//

226470.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  84.63
 Mean single sequence MFE: -33.40
 Consensus MFE: -31.79
 Energy contribution: -31.15
 Covariance contribution:  -0.64
 Mean z-score:  -4.77
 Structure conservation index:   0.95
 SVM decision value:   3.99
 SVM RNA-class probability: 0.999744
 Prediction: RNA

######################################################################

>226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100
CUGUCUUCUAUAUCUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAAAAUCAUUAAAGCAAUCACAAAUUCGCUUCUAGGGGAGUAUAUAGUGGAUUUAUACAC
..((((.((((((((.((((.((((..((((((((((...................))))))))))..)))))))))).)))))).))))........ ( -30.11)
>226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100
CCUGUCAUCUAUAUAUACCCUGUAGAUCCGGAUUUGUGUAAACAGACGCACAGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAGUAUGUAGUUGAUGUAUAGGCU
(((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((....).(((.....)))))))))))).))))).))).)))))))...)))).))))).. ( -40.00)
>226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100
CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGGUCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
.((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ ( -32.29)
>consensus
_CUGUCUUCUGUAUAUACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUGUAAGGAAUUUUGUGG___UCACAAAUUCGUAUCUAGGGGAAUAUGUAGUUGACAUAAACACU
..((((..((((((((.((((.(((((.((((((((((...................)))))))))).))))))))).))))))))..))))........ (-31.79 = -31.15 +  -0.64) 

226470.rnaz

RNAalifold consensus structure

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