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Results for CNB 226470-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      AGTGTTTATGTCAACTACATATTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CCACAAAATTCCT
226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100   AGTGTTTATGTCAACTACATATTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CCACAAAATTCCT
226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    -GTGTATAAATCCACTATATACTCCCCTAGAAGCGAATTTGTGATTGCTTTAATGATTTT
226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 AGCCTATACATCAACTACATACTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CTGTGCGTCTGTT
226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     AGTGTTTATGTCAACTACATATTCCCCTAGATACGAATTTGTGA---CCACAAAATTCCT
                                                   *  * **  ** **** *** *********  ***********   *        *  *


226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100      TACACAAATTCGGATCTACAGGGTATATACAGAAGACAG-
226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100   TACACAAATTCGGATCTACAGGGTATATACAGAAGACAG-
226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100    TACACAAATCCGGATCTACAGGGTAGATATAGAAGACAG-
226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100 TACACAAATCCGGATCTACAGGGTATATATAGATGACAGG
226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100     TACACAAATTCGGATCTACAGGGTATATACAGAAGACAG-
                                                  ********* *************** *** *** ***** 

226470-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 100
 Mean pairwise identity:  84.63
 Mean single sequence MFE: -24.58
 Consensus MFE: -20.27
 Energy contribution: -22.27
 Covariance contribution:   2.00
 Mean z-score:  -3.17
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   3.08
 SVM RNA-class probability: 0.998369
 Prediction: RNA

######################################################################

>226470_ENSG00000182742_HUMAN_8379_8474/1-100
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))). ( -26.99)
>226470_ENSMUSG00000038692_MOUSE_8402_8497/1-100
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))). ( -26.99)
>226470_SINFRUG00000136631_FUGU_7997_8094/1-100
GUGUAUAAAUCCACUAUAUACUCCCCUAGAAGCGAAUUUGUGAUUGCUUUAAUGAUUUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAGAUAUAGAAGACAG
.............((((((.((.(((((((..((.(((((((...................))))))).))..)))..)))).))))))))....... ( -20.21)
>226470_ENSDARG00000013533_ZEBRAFISH_378_474/1-100
AGCCUAUACAUCAACUACAUACUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACUGUGCGUCUGUUUACACAAAUCCGGAUCUACAGGGUAUAUAUAGAUGACAGG
..(((...((((...((.((((.((..(((((.((.(((((((.....((....))...))))))).)).)))))..)))))).))..))))..))) ( -21.70)
>226470_ENSRNOG00000008191_RAT_8416_8511/1-100
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGACCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))). ( -26.99)
>consensus
AGUGUUUAUGUCAACUACAUAUUCCCCUAGAUACGAAUUUGUGA___CCACAAAAUUCCUUACACAAAUUCGGAUCUACAGGGUAUAUACAGAAGACAG_
........((((..((..((((.(((.(((((.((((((((((...................)))))))))).)))))..))).))))..))..)))).. (-20.27 = -22.27 +   2.00) 

226470-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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