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Results for CNB 223876_5

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521         CAGGA-ATCAATGATAGGGAGGTTGGACAGCTCAGTTCCCCAGTGCCAGCCCAATAGACG
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521        CAGGA-ATCAATGATAGGGAGGTTGGACAGCTCAGTTCCCCAGTGCCAGCCCAATAGACG
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521       CAGGGGATCAATGATAGGGAGGTTGGACAGCCCGGGCCCCCAGTGCCAGCCCAATAGACT
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521      CAGGA-ATCAATGATAGGGAGGTTGGACAGCTCAGTTCCCCAGTGCCAGCCCAATAGACG


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521         GATGAGTTATTGTCATGTAAAAA-GCGCCAGCAATAAGACCAACCGCTTTGCTATTGTCC
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521        GATGAGTTATTGTCATGTAAAAA-GCGCCAGCAATGAGACCAACCGCTTTGCTATTGTCC
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521       GATGAGTTATTGTCATGTAAAAAAGCGCTAGCAATAAGACCAAACGCTTTGCTATTGTCC
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521      GATGAGTTATTGTCATGTAAAAA-GCGCCAGCAATAAGACCAACCGCTTTGCTATTGTCC


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521         AAGTGGAAAGAGCCAAGTTTATTATGAGGACTATATGCTCTAGAGACCTCAGACAAGGCA
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521        AAGTGGAAAGAGCCAAGTTTATTATGAGGACTATATACTCTAGAGACCTCAGACAAGGCA
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521       AAGCGGAAAGAGCCAAGTTTATTATGAGGACTATATGCTCTAGAGACCTCAGGCTAGGCG
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521      AAGTGGAAAGAGCCAAGTTTATTATGAGGACTATATACTCTAGAGACCTCAGACAAGGCA


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521         TCTCATAGGAGGCTTTTTCATAAAACTAGGCTCTGCTGGTAGTAAGGAGGCCAGTTTGGA
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521        TCTCACAGGAGGCTTTTTCATAAAACTAGGCTCTGCTGGTAGTAAGGAGGCCAGTTTGGA
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521       GCTCTTAGGGGGCTTTT-CATAAAACAGGGCTAGGTTCCTATAAAGGAGGCCAGTTTTGG
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521      TCTCACAGGAGGCTTTTTCATAAAACTAGGCTCGGCTGGTAGTAAGGAGGCCAGTGTGGA


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521         GGCAGGCGTTGAGCTGTGCACATCTCCCCAC
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521        GGCAGGCGTTGAGCTGTGCACATCTTCCCAC
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521       AGCAGGCGCTGAGCAGTGAACATCTACCCA-
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521      GGCAGGCGTTGAGCAGTGCACATCTCCCCAC

223876_5.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 271
 Mean pairwise identity:  92.41
 Mean single sequence MFE: -89.57
 Consensus MFE: -73.44
 Energy contribution: -76.88
 Covariance contribution:   3.44
 Mean z-score:  -1.88
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   0.56
 SVM RNA-class probability: 0.783487
 Prediction: RNA

######################################################################

>223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521
CAGGAAUCAAUGAUAGGGAGGUUGGACAGCUCAGUUCCCCAGUGCCAGCCCAAUAGACGGAUGAGUUAUUGUCAUGUAAAAAGCGCCAGCAAUAAGACCAACCGCUUUGCUAUUGUCCAAGUGGAAAGAGCCAAGUUUAUUAUGAGGACUAUAUGCUCUAGAGACCUCAGACAAGGCAUCUCAUAGGAGGCUUUUUCAUAAAACUAGGCUCUGCUGGUAGUAAGGAGGCCAGUUUGGAGGCAGGCGUUGAGCUGUGCACAUCUCCCCAC
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>223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521
CAGGAAUCAAUGAUAGGGAGGUUGGACAGCUCAGUUCCCCAGUGCCAGCCCAAUAGACGGAUGAGUUAUUGUCAUGUAAAAAGCGCCAGCAAUGAGACCAACCGCUUUGCUAUUGUCCAAGUGGAAAGAGCCAAGUUUAUUAUGAGGACUAUAUACUCUAGAGACCUCAGACAAGGCAUCUCACAGGAGGCUUUUUCAUAAAACUAGGCUCUGCUGGUAGUAAGGAGGCCAGUUUGGAGGCAGGCGUUGAGCUGUGCACAUCUUCCCAC
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>223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521
CAGGGGAUCAAUGAUAGGGAGGUUGGACAGCCCGGGCCCCCAGUGCCAGCCCAAUAGACUGAUGAGUUAUUGUCAUGUAAAAAAGCGCUAGCAAUAAGACCAAACGCUUUGCUAUUGUCCAAGCGGAAAGAGCCAAGUUUAUUAUGAGGACUAUAUGCUCUAGAGACCUCAGGCUAGGCGGCUCUUAGGGGGCUUUUCAUAAAACAGGGCUAGGUUCCUAUAAAGGAGGCCAGUUUUGGAGCAGGCGCUGAGCAGUGAACAUCUACCCA
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>223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521
CAGGAAUCAAUGAUAGGGAGGUUGGACAGCUCAGUUCCCCAGUGCCAGCCCAAUAGACGGAUGAGUUAUUGUCAUGUAAAAAGCGCCAGCAAUAAGACCAACCGCUUUGCUAUUGUCCAAGUGGAAAGAGCCAAGUUUAUUAUGAGGACUAUAUACUCUAGAGACCUCAGACAAGGCAUCUCACAGGAGGCUUUUUCAUAAAACUAGGCUCGGCUGGUAGUAAGGAGGCCAGUGUGGAGGCAGGCGUUGAGCAGUGCACAUCUCCCCAC
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>consensus
CAGGA_AUCAAUGAUAGGGAGGUUGGACAGCUCAGUUCCCCAGUGCCAGCCCAAUAGACGGAUGAGUUAUUGUCAUGUAAAAA_GCGCCAGCAAUAAGACCAACCGCUUUGCUAUUGUCCAAGUGGAAAGAGCCAAGUUUAUUAUGAGGACUAUAUACUCUAGAGACCUCAGACAAGGCAUCUCACAGGAGGCUUUUUCAUAAAACUAGGCUCGGCUGGUAGUAAGGAGGCCAGUUUGGAGGCAGGCGUUGAGCAGUGCACAUCUCCCCAC
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223876_5.rnaz

RNAalifold consensus structure

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