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Results for CNB 223876_5-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521    GTGGGGAGATGTGCACAGCTCAACGCCTGCCTCCAAACTGGCCTCCTTACTACCAGCAGA
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521   GTGGGAAGATGTGCACAGCTCAACGCCTGCCTCCAAACTGGCCTCCTTACTACCAGCAGA
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521  -TGGGTAGATGTTCACTGCTCAGCGCCTGCTCCAAAACTGGCCTCCTTTATAGGAACCTA
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521 GTGGGGAGATGTGCACTGCTCAACGCCTGCCTCCACACTGGCCTCCTTACTACCAGCCGA
                                                 **** ****** *** ***** *******  * * ************  **  * *  *


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521    GCCTAGTTTTATGAAAAAGCCTCCTATGAGATGCCTTGTCTGAGGTCTCTAGAGCATATA
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521   GCCTAGTTTTATGAAAAAGCCTCCTGTGAGATGCCTTGTCTGAGGTCTCTAGAGTATATA
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521  GCCCTGTTTTATG-AAAAGCCCCCTAAGAGCCGCCTAGCCTGAGGTCTCTAGAGCATATA
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521 GCCTAGTTTTATGAAAAAGCCTCCTGTGAGATGCCTTGTCTGAGGTCTCTAGAGTATATA
                                                ***  ******** ******* ***  ***  **** * *************** *****


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521    GTCCTCATAATAAACTTGGCTCTTTCCACTTGGACAATAGCAAAGCGGTTGGTCTTATTG
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521   GTCCTCATAATAAACTTGGCTCTTTCCACTTGGACAATAGCAAAGCGGTTGGTCTCATTG
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521  GTCCTCATAATAAACTTGGCTCTTTCCGCTTGGACAATAGCAAAGCGTTTGGTCTTATTG
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521 GTCCTCATAATAAACTTGGCTCTTTCCACTTGGACAATAGCAAAGCGGTTGGTCTTATTG
                                                *************************** ******************* ******* ****


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521    CTGGCGC-TTTTTACATGACAATAACTCATCCGTCTATTGGGCTGGCACTGGGGAACTGA
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521   CTGGCGC-TTTTTACATGACAATAACTCATCCGTCTATTGGGCTGGCACTGGGGAACTGA
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521  CTAGCGCTTTTTTACATGACAATAACTCATCAGTCTATTGGGCTGGCACTGGGGGCCCGG
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521 CTGGCGC-TTTTTACATGACAATAACTCATCCGTCTATTGGGCTGGCACTGGGGAACTGA
                                                ** **** *********************** **********************  * * 


223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521    GCTGTCCAACCTCCCTATCATTGAT-TCCTG
223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521   GCTGTCCAACCTCCCTATCATTGAT-TCCTG
223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521  GCTGTCCAACCTCCCTATCATTGATCCCCTG
223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521 GCTGTCCAACCTCCCTATCATTGAT-TCCTG
                                                *************************  ****

223876_5-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 271
 Mean pairwise identity:  92.41
 Mean single sequence MFE: -83.23
 Consensus MFE: -65.36
 Energy contribution: -68.62
 Covariance contribution:   3.25
 Mean z-score:  -1.69
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.09
 SVM RNA-class probability: 0.579588
 Prediction: RNA

######################################################################

>223876_ENSG00000109132_HUMAN_9426_9917/1-521
GUGGGGAGAUGUGCACAGCUCAACGCCUGCCUCCAAACUGGCCUCCUUACUACCAGCAGAGCCUAGUUUUAUGAAAAAGCCUCCUAUGAGAUGCCUUGUCUGAGGUCUCUAGAGCAUAUAGUCCUCAUAAUAAACUUGGCUCUUUCCACUUGGACAAUAGCAAAGCGGUUGGUCUUAUUGCUGGCGCUUUUUACAUGACAAUAACUCAUCCGUCUAUUGGGCUGGCACUGGGGAACUGAGCUGUCCAACCUCCCUAUCAUUGAUUCCUG
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>223876_ENSRNOG00000002299_RAT_9393_9879/1-521
GUGGGAAGAUGUGCACAGCUCAACGCCUGCCUCCAAACUGGCCUCCUUACUACCAGCAGAGCCUAGUUUUAUGAAAAAGCCUCCUGUGAGAUGCCUUGUCUGAGGUCUCUAGAGUAUAUAGUCCUCAUAAUAAACUUGGCUCUUUCCACUUGGACAAUAGCAAAGCGGUUGGUCUCAUUGCUGGCGCUUUUUACAUGACAAUAACUCAUCCGUCUAUUGGGCUGGCACUGGGGAACUGAGCUGUCCAACCUCCCUAUCAUUGAUUCCUG
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>223876_SINFRUG00000134872_FUGU_9301_9810/1-521
UGGGUAGAUGUUCACUGCUCAGCGCCUGCUCCAAAACUGGCCUCCUUUAUAGGAACCUAGCCCUGUUUUAUGAAAAGCCCCCUAAGAGCCGCCUAGCCUGAGGUCUCUAGAGCAUAUAGUCCUCAUAAUAAACUUGGCUCUUUCCGCUUGGACAAUAGCAAAGCGUUUGGUCUUAUUGCUAGCGCUUUUUUACAUGACAAUAACUCAUCAGUCUAUUGGGCUGGCACUGGGGGCCCGGGCUGUCCAACCUCCCUAUCAUUGAUCCCCUG
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>223876_ENSMUSG00000012520_MOUSE_9442_9928/1-521
GUGGGGAGAUGUGCACUGCUCAACGCCUGCCUCCACACUGGCCUCCUUACUACCAGCCGAGCCUAGUUUUAUGAAAAAGCCUCCUGUGAGAUGCCUUGUCUGAGGUCUCUAGAGUAUAUAGUCCUCAUAAUAAACUUGGCUCUUUCCACUUGGACAAUAGCAAAGCGGUUGGUCUUAUUGCUGGCGCUUUUUACAUGACAAUAACUCAUCCGUCUAUUGGGCUGGCACUGGGGAACUGAGCUGUCCAACCUCCCUAUCAUUGAUUCCUG
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>consensus
GUGGGGAGAUGUGCACAGCUCAACGCCUGCCUCCAAACUGGCCUCCUUACUACCAGCAGAGCCUAGUUUUAUGAAAAAGCCUCCUAUGAGAUGCCUUGUCUGAGGUCUCUAGAGCAUAUAGUCCUCAUAAUAAACUUGGCUCUUUCCACUUGGACAAUAGCAAAGCGGUUGGUCUUAUUGCUGGCGC_UUUUUACAUGACAAUAACUCAUCCGUCUAUUGGGCUGGCACUGGGGAACUGAGCUGUCCAACCUCCCUAUCAUUGAU_UCCUG
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223876_5-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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