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Results for CNB 204490_3

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700      ATAAAATCAAAAGCACCTGCATCTTAAATGAAATTTCAATTGAAAAACTTAACAGCCCTT
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700          ATATAATAAAAAGCACCTGCATTTTAAATGAAATTTCAATTGAAAAACTTAACAGCCCTT
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700            ATATAATAAAAAGCACCTGCATTTTAAATGAAATTTCAATTGAAAAACTTAACAGCCCTT
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700             ATATAATAAAAAGCACCTGCATTTTAAATGAAATTTCAATTGAAAAACTTAACAGCCCTT


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700      CAAATTGCGGAATTTAACGCAGACCAGTAAAGCTTAAATAACACTTTGCCTCTGCAGACC
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700          CAAATTGCAGAATTTAACGCAGCCCAGTAAAGCTTAAATAACACTTTGCCAGCTCGGGCT
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700            CAAATTGCAGAATTTAACGCAGCCCAGTAAAGCTTAAATAACACTTTGCCTGCGCGGGCC
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700             CAAATTGCAGAATTTAACGCAGCCCAGTAAAGCTTAAATAACACTTTGCCCCCGCAGGCT


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700      GAAAGAGCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCTGGCCGGCGGTGAAGTAAGGAGG
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700          GA--------------------------------------------------------GG
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700            GA--------------------------------------------------------GG
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700             GA--------------------------------------------------------GG


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700      GGTGGTTGGCGTTCAAGGTGACTTGATTGTCTCATGTGGTAAAATTATTTACAATTAAGG
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700          GGA--TTCGCATTCAAGGTGACTTGATTGTGTCGCATGGTGAAATTATTTACAATTAAGG
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700            GGA--TTCGCATTCAAGGTGACTTGATTGTGTCGCATGGTGAAATTATTTACAATTAAGG
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700             GGT--TT-GCATTCAAGGTGACTTGATTGTGTCGCATGGTGAAATTATTTACAATTAAGG


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700      AATTTCTCCTGAGAGCCACATTGGATTTGCCGCCG---AGCACCTATGCGGGCGTTTGGG
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700          AATTTCTCTGGAGGGCTGCAGAGAGCTTGCTGCCCCCCGCCACCTCTGCAGGCATATGGT
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700            AATTTCTCTGGAGGGCTGCAGAGAGCTTGCTGNNNNNNNNN---TCTGCAGGCATATGGT
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700             AATTTCTCTGGAGGGCTGCAGAATATTTGCTGTTCCACAACACCTATGCAGGCATATGGT

204490_3.aln

RNAz output


############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  78.35
 Mean single sequence MFE: -71.88
 Consensus MFE: -44.34
 Energy contribution: -49.40
 Covariance contribution:   5.06
 Mean z-score:  -2.38
 Structure conservation index:   0.62
 SVM decision value:   1.67
 SVM RNA-class probability: 0.971070
 Prediction: RNA

######################################################################

>204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700
AUAAAAUCAAAAGCACCUGCAUCUUAAAUGAAAUUUCAAUUGAAAAACUUAACAGCCCUUCAAAUUGCGGAAUUUAACGCAGACCAGUAAAGCUUAAAUAACACUUUGCCUCUGCAGACCGAAAGAGCGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCUGGCCGGCGGUGAAGUAAGGAGGGGUGGUUGGCGUUCAAGGUGACUUGAUUGUCUCAUGUGGUAAAAUUAUUUACAAUUAAGGAAUUUCUCCUGAGAGCCACAUUGGAUUUGCCGCCGAGCACCUAUGCGGGCGUUUGGG
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>204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700
AUAUAAUAAAAAGCACCUGCAUUUUAAAUGAAAUUUCAAUUGAAAAACUUAACAGCCCUUCAAAUUGCAGAAUUUAACGCAGCCCAGUAAAGCUUAAAUAACACUUUGCCAGCUCGGGCUGAGGGGAUUCGCAUUCAAGGUGACUUGAUUGUGUCGCAUGGUGAAAUUAUUUACAAUUAAGGAAUUUCUCUGGAGGGCUGCAGAGAGCUUGCUGCCCCCCGCCACCUCUGCAGGCAUAUGGU
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>204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700
AUAUAAUAAAAAGCACCUGCAUUUUAAAUGAAAUUUCAAUUGAAAAACUUAACAGCCCUUCAAAUUGCAGAAUUUAACGCAGCCCAGUAAAGCUUAAAUAACACUUUGCCUGCGCGGGCCGAGGGGAUUCGCAUUCAAGGUGACUUGAUUGUGUCGCAUGGUGAAAUUAUUUACAAUUAAGGAAUUUCUCUGGAGGGCUGCAGAGAGCUUGCUGNNNNNNNNNUCUGCAGGCAUAUGGU
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>204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700
AUAUAAUAAAAAGCACCUGCAUUUUAAAUGAAAUUUCAAUUGAAAAACUUAACAGCCCUUCAAAUUGCAGAAUUUAACGCAGCCCAGUAAAGCUUAAAUAACACUUUGCCCCCGCAGGCUGAGGGGUUUGCAUUCAAGGUGACUUGAUUGUGUCGCAUGGUGAAAUUAUUUACAAUUAAGGAAUUUCUCUGGAGGGCUGCAGAAUAUUUGCUGUUCCACAACACCUAUGCAGGCAUAUGGU
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>consensus
AUAUAAUAAAAAGCACCUGCAUUUUAAAUGAAAUUUCAAUUGAAAAACUUAACAGCCCUUCAAAUUGCAGAAUUUAACGCAGCCCAGUAAAGCUUAAAUAACACUUUGCCUCCGCAGGCCGA________________________________________________________GGGGA__UUCGCAUUCAAGGUGACUUGAUUGUGUCGCAUGGUGAAAUUAUUUACAAUUAAGGAAUUUCUCUGGAGGGCUGCAGAGAACUUGCUGCCC___A_CACCUAUGCAGGCAUAUGGU
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204490_3.rnaz

RNAalifold consensus structure

Secondary Structure Dot Plot
PS | PDF PS | PDF
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004