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Results for CNB 204490_3-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700 CCCAAACGCCCGCATAGGTGCT---CGGCGGCAAATCCAATGTGGCTCTCAGGAGAAATT
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700     ACCATATGCCTGCAGAGGTGGCGGGGGGCAGCAAGCTCTCTGCAGCCCTCCAGAGAAATT
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700       ACCATATGCCTGCAGA---NNNNNNNNNCAGCAAGCTCTCTGCAGCCCTCCAGAGAAATT
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700        ACCATATGCCTGCATAGGTGTTGTGGAACAGCAAATATTCTGCAGCCCTCCAGAGAAATT
                                                     *** * *** *** *            * ****      **  ** ***  ********


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700 CCTTAATTGTAAATAATTTTACCACATGAGACAATCAAGTCACCTTGAACGCCAACCACC
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700     CCTTAATTGTAAATAATTTCACCATGCGACACAATCAAGTCACCTTGAATGCGAA--TCC
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700       CCTTAATTGTAAATAATTTCACCATGCGACACAATCAAGTCACCTTGAATGCGAA--TCC
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700        CCTTAATTGTAAATAATTTCACCATGCGACACAATCAAGTCACCTTGAATGC-AA--ACC
                                                    ******************* ****   ** ******************* ** **   **


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700 CCTCCTTACTTCACCGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCGCTCTTTC
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700     CC--------------------------------------------------------TC
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700       CC--------------------------------------------------------TC
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700        CC--------------------------------------------------------TC
                                                    **                                                        **


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700 GGTCTGCAGAGGCAAAGTGTTATTTAAGCTTTACTGGTCTGCGTTAAATTCCGCAATTTG
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700     AGCCCGAGCTGGCAAAGTGTTATTTAAGCTTTACTGGGCTGCGTTAAATTCTGCAATTTG
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700       GGCCCGCGCAGGCAAAGTGTTATTTAAGCTTTACTGGGCTGCGTTAAATTCTGCAATTTG
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700        AGCCTGCGGGGGCAAAGTGTTATTTAAGCTTTACTGGGCTGCGTTAAATTCTGCAATTTG
                                                     * * *    *************************** ************* ********


204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700 AAGGGCTGTTAAGTTTTTCAATTGAAATTTCATTTAAGATGCAGGTGCTTTTGATTTTAT
204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700     AAGGGCTGTTAAGTTTTTCAATTGAAATTTCATTTAAAATGCAGGTGCTTTTTATTATAT
204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700       AAGGGCTGTTAAGTTTTTCAATTGAAATTTCATTTAAAATGCAGGTGCTTTTTATTATAT
204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700        AAGGGCTGTTAAGTTTTTCAATTGAAATTTCATTTAAAATGCAGGTGCTTTTTATTATAT
                                                    ************************************* ************** *** ***

204490_3-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  78.35
 Mean single sequence MFE: -66.18
 Consensus MFE: -48.80
 Energy contribution: -48.05
 Covariance contribution:  -0.75
 Mean z-score:  -1.74
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:   0.68
 SVM RNA-class probability: 0.821390
 Prediction: RNA

######################################################################

>204490_ENSDARG00000005719_ZEBRAFISH_1509_2198/1-700
CCCAAACGCCCGCAUAGGUGCUCGGCGGCAAAUCCAAUGUGGCUCUCAGGAGAAAUUCCUUAAUUGUAAAUAAUUUUACCACAUGAGACAAUCAAGUCACCUUGAACGCCAACCACCCCUCCUUACUUCACCGCCGGCCAGCUNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNUCCGCUCUUUCGGUCUGCAGAGGCAAAGUGUUAUUUAAGCUUUACUGGUCUGCGUUAAAUUCCGCAAUUUGAAGGGCUGUUAAGUUUUUCAAUUGAAAUUUCAUUUAAGAUGCAGGUGCUUUUGAUUUUAU
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>204490_ENSMUSG00000039186_MOUSE_8899_9531/1-700
ACCAUAUGCCUGCAGAGGUGGCGGGGGGCAGCAAGCUCUCUGCAGCCCUCCAGAGAAAUUCCUUAAUUGUAAAUAAUUUCACCAUGCGACACAAUCAAGUCACCUUGAAUGCGAAUCCCCUCAGCCCGAGCUGGCAAAGUGUUAUUUAAGCUUUACUGGGCUGCGUUAAAUUCUGCAAUUUGAAGGGCUGUUAAGUUUUUCAAUUGAAAUUUCAUUUAAAAUGCAGGUGCUUUUUAUUAUAU
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>204490_ENSRNOG00000022194_RAT_7638_8269/1-700
ACCAUAUGCCUGCAGANNNNNNNNNCAGCAAGCUCUCUGCAGCCCUCCAGAGAAAUUCCUUAAUUGUAAAUAAUUUCACCAUGCGACACAAUCAAGUCACCUUGAAUGCGAAUCCCCUCGGCCCGCGCAGGCAAAGUGUUAUUUAAGCUUUACUGGGCUGCGUUAAAUUCUGCAAUUUGAAGGGCUGUUAAGUUUUUCAAUUGAAAUUUCAUUUAAAAUGCAGGUGCUUUUUAUUAUAU
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>204490_ENSG00000152120_HUMAN_8890_9516/1-700
ACCAUAUGCCUGCAUAGGUGUUGUGGAACAGCAAAUAUUCUGCAGCCCUCCAGAGAAAUUCCUUAAUUGUAAAUAAUUUCACCAUGCGACACAAUCAAGUCACCUUGAAUGCAAACCCCUCAGCCUGCGGGGGCAAAGUGUUAUUUAAGCUUUACUGGGCUGCGUUAAAUUCUGCAAUUUGAAGGGCUGUUAAGUUUUUCAAUUGAAAUUUCAUUUAAAAUGCAGGUGCUUUUUAUUAUAU
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>consensus
ACCAUAUGCCUGCAGAGGUG_U___GGGCAGCAAACUCUCUGCAGCCCUCCAGAGAAAUUCCUUAAUUGUAAAUAAUUUCACCAUGCGACACAAUCAAGUCACCUUGAAUGCGAA__ACCCC________________________________________________________UCAGCCCGCGCAGGCAAAGUGUUAUUUAAGCUUUACUGGGCUGCGUUAAAUUCUGCAAUUUGAAGGGCUGUUAAGUUUUUCAAUUGAAAUUUCAUUUAAAAUGCAGGUGCUUUUUAUUAUAU
......((((((((..............(((.((......((((((((......((((((..(((....)))..)))))).......(((((..(((((....))))).........................................................................(((......)))...)))))..............)))))))).....)))))(((((.((((((((....)))))))))))))...............))))))))............. (-48.80 = -48.05 +  -0.75) 

204490_3-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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