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Results for CNB 200349

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

200349_ENSG00000136630_HUMAN_6634_6848/1-238    -ACATAAGGGCGGATTTGCGTCACCCGAGCAACTTGCCGGTGGAGATAAAGTTGCACAAA
200349_ENSMUSG00000039377_MOUSE_6614_6829/1-238 TACAGAAGAGCGGATTTGCGTCACCACAGCAACTTGCCGGTGGAGATAAAGTTGCACAAA
200349_ENSRNOG00000002309_RAT_6084_6299/1-238   TACAGAAGAGCGGATTTGCGTCACCGCAGCAACTTGCCGGTGGAGATAAAGTTGCACAAA
200349_SINFRUG00000148545_FUGU_4281_4508/1-238  -------GGACGGATTTGCGTCACCGT-GCAACTTGCCGGTCGAGATAAAGGTGCACAAA
                                                       *  ***************   ************* ********* ********


200349_ENSG00000136630_HUMAN_6634_6848/1-238    TATTGAAAG-GGGAAGTGCTAGGAGTCATTATAGAGTTTTTC------------------
200349_ENSMUSG00000039377_MOUSE_6614_6829/1-238 TATTGAAAG-GGGAAGTGCTAGGAGTCATTATAGAGTTTTTC------------------
200349_ENSRNOG00000002309_RAT_6084_6299/1-238   TATTGAAAG-GGGAAGTGCTAGGAGTCATTATAGAGTTTTTC------------------
200349_SINFRUG00000148545_FUGU_4281_4508/1-238  TATTGAAAAAGGGAAGTTCTAACAGTCATTATAAAGTCCACCCCCCACCAGCAGCCCCGC
                                                ********  ******* ***  ********** ***    *                  


200349_ENSG00000136630_HUMAN_6634_6848/1-238    TCCGGAAGAAATAAGGATTTCTGCAGTATCCTAAAATACTAAGGCCGCTTCTATTTTGAG
200349_ENSMUSG00000039377_MOUSE_6614_6829/1-238 TCCGGAAGAAATAAGGATTTCTGCAGTATCCTAAAATACTAGGACCGCTTCTATTTTGAG
200349_ENSRNOG00000002309_RAT_6084_6299/1-238   ACCGGAAGAAATAAGGATTTCTGCAGTATCCTAAAATACTAGGACCGCTTCTATTTTGAG
200349_SINFRUG00000148545_FUGU_4281_4508/1-238  TCCGGAAGAAATAAGGATTTCTTCTGTATCCTAAAATACTAATACAGGTTCTATTTTGGG
                                                 ********************* * ****************   * * ********** *


200349_ENSG00000136630_HUMAN_6634_6848/1-238    A--CCAATCTCGCAGGCACATCCGCTCATTTAGTCCCGAGTTTGAGCCCATCAAAAA-
200349_ENSMUSG00000039377_MOUSE_6614_6829/1-238 A--CCAATCTCGCAGGCATATCCGCTCATTTAG-CCCAAGTTTGAGCCCATCAAAAAA
200349_ENSRNOG00000002309_RAT_6084_6299/1-238   A--CCAATCTCGCAGGCATATCCGCTCATTTAG-TCCAAGTTTGAGCCCATCAAAAAA
200349_SINFRUG00000148545_FUGU_4281_4508/1-238  GGGCAAATCTAGCAGGAATATCCGCTCATTTAA-CACGAACCCCAGCCCATCAAAAA-
                                                   * ***** ***** * *************    * *     ************* 


//

200349.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 238
 Mean pairwise identity:  83.97
 Mean single sequence MFE: -60.65
 Consensus MFE: -41.25
 Energy contribution: -42.00
 Covariance contribution:   0.75
 Mean z-score:  -1.54
 Structure conservation index:   0.68
 SVM decision value:   0.01
 SVM RNA-class probability: 0.540494
 Prediction: RNA

######################################################################

>200349_ENSG00000136630_HUMAN_6634_6848/1-238
ACAUAAGGGCGGAUUUGCGUCACCCGAGCAACUUGCCGGUGGAGAUAAAGUUGCACAAAUAUUGAAAGGGGAAGUGCUAGGAGUCAUUAUAGAGUUUUUCUCCGGAAGAAAUAAGGAUUUCUGCAGUAUCCUAAAAUACUAAGGCCGCUUCUAUUUUGAGACCAAUCUCGCAGGCACAUCCGCUCAUUUAGUCCCGAGUUUGAGCCCAUCAAAAA
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>200349_ENSMUSG00000039377_MOUSE_6614_6829/1-238
UACAGAAGAGCGGAUUUGCGUCACCACAGCAACUUGCCGGUGGAGAUAAAGUUGCACAAAUAUUGAAAGGGGAAGUGCUAGGAGUCAUUAUAGAGUUUUUCUCCGGAAGAAAUAAGGAUUUCUGCAGUAUCCUAAAAUACUAGGACCGCUUCUAUUUUGAGACCAAUCUCGCAGGCAUAUCCGCUCAUUUAGCCCAAGUUUGAGCCCAUCAAAAAA
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>200349_ENSRNOG00000002309_RAT_6084_6299/1-238
UACAGAAGAGCGGAUUUGCGUCACCGCAGCAACUUGCCGGUGGAGAUAAAGUUGCACAAAUAUUGAAAGGGGAAGUGCUAGGAGUCAUUAUAGAGUUUUUCACCGGAAGAAAUAAGGAUUUCUGCAGUAUCCUAAAAUACUAGGACCGCUUCUAUUUUGAGACCAAUCUCGCAGGCAUAUCCGCUCAUUUAGUCCAAGUUUGAGCCCAUCAAAAAA
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>200349_SINFRUG00000148545_FUGU_4281_4508/1-238
GGACGGAUUUGCGUCACCGUGCAACUUGCCGGUCGAGAUAAAGGUGCACAAAUAUUGAAAAAGGGAAGUUCUAACAGUCAUUAUAAAGUCCACCCCCCACCAGCAGCCCCGCUCCGGAAGAAAUAAGGAUUUCUUCUGUAUCCUAAAAUACUAAUACAGGUUCUAUUUUGGGGGGCAAAUCUAGCAGGAAUAUCCGCUCAUUUAACACGAACCCCAGCCCAUCAAAAA
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>consensus
_ACAGAAGAGCGGAUUUGCGUCACCGCAGCAACUUGCCGGUGGAGAUAAAGUUGCACAAAUAUUGAAAG_GGGAAGUGCUAGGAGUCAUUAUAGAGUUUUUC__________________UCCGGAAGAAAUAAGGAUUUCUGCAGUAUCCUAAAAUACUAAGACCGCUUCUAUUUUGAGA__CCAAUCUCGCAGGCAUAUCCGCUCAUUUAG_CCCAAGUUUGAGCCCAUCAAAAA_
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200349.rnaz

RNAalifold consensus structure

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