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Results for CNB 194839

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

194839_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82        -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTT-TCTCTCGACAGCA
194839_ENSDARG00000023897_ZEBRAFISH_1023_1102/1-82 -ACTGCTAAGTGATTTAGGTAGTTTTATGTTGTTGGGCTCTATTTTATATCCCCGCAACA
194839_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1374/1-82      GACTGTCGAGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGGTCCATTTC-AAACTCTGCAACA
194839_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2400/1-82       -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTT-TCTCTCGACAGCA
                                                    ****    *** ************  ********** ** *  *     * *  ** **


194839_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82        CGACACTGCCTTCATTACTTCA
194839_ENSDARG00000023897_ZEBRAFISH_1023_1102/1-82 CGAAACTGTCTTAATTGCCTC-
194839_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1374/1-82      TGAAACTGTCTTAATTGCCCCA
194839_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2400/1-82       CGACACTGCCTTCATTACTTCA
                                                    ** **** *** *** *  * 


//

194839.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 82
 Mean pairwise identity:  77.98
 Mean single sequence MFE: -28.80
 Consensus MFE: -27.36
 Energy contribution: -27.29
 Covariance contribution:  -0.06
 Mean z-score:  -4.55
 Structure conservation index:   0.95
 SVM decision value:   3.67
 SVM RNA-class probability: 0.999513
 Prediction: RNA

######################################################################

>194839_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCA
.......((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..))))))... ( -30.50)
>194839_ENSDARG00000023897_ZEBRAFISH_1023_1102/1-82
ACUGCUAAGUGAUUUAGGUAGUUUUAUGUUGUUGGGCUCUAUUUUAUAUCCCCGCAACACGAAACUGUCUUAAUUGCCUC
........(..(((.((..(((((..((((((.(((.............))).))))))..)))))..)).)))..)... ( -24.82)
>194839_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1374/1-82
GACUGUCGAGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGUCCAUUUCAAACUCUGCAACAUGAAACUGUCUUAAUUGCCCCA
.........(..(((.((..(((((((((((((.(((............))).)))))))))))))..)).)))..).... ( -29.40)
>194839_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2400/1-82
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCA
.......((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..))))))... ( -30.50)
>consensus
_ACUGGUCAGUGAUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUCCACCUU_UAUCUCGACAACACGAAACUGCCUUAAUUACCUCA
.........((((((.((((((((((.((((((((((.............)))))))))).)))))))))).)))))).... (-27.36 = -27.29 +  -0.06) 

194839.rnaz

RNAalifold consensus structure

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