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Results for CNB 194777

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

194777_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1172/1-85        -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTTTCTCTCGACAGCAC
194777_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4575/1-85 GACTGTCGAGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTACATTCAAACTCTGCAACGT
194777_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1377/1-85      GACTGTCGAGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGGTCCATTTCAAACTCTGCAACAT
194777_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2404/1-85       -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTTTCTCTCGACAGCAC
                                                    ****    *** ************* ********** *     *    ***  ** *  


194777_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1172/1-85        GACACTGCCTTCATTACTTCAGTTG
194777_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4575/1-85 GAAACTGTCTTAATTGCCCCAGTT-
194777_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1377/1-85      GAAACTGTCTTAATTGCCCCAGTT-
194777_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2404/1-85       GACACTGCCTTCATTACTTCAGTTG
                                                   ** **** *** *** *  ***** 


//

194777.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 85
 Mean pairwise identity:  77.95
 Mean single sequence MFE: -33.40
 Consensus MFE: -31.31
 Energy contribution: -32.38
 Covariance contribution:   1.06
 Mean z-score:  -5.13
 Structure conservation index:   0.94
 SVM decision value:   3.23
 SVM RNA-class probability: 0.998802
 Prediction: RNA

######################################################################

>194777_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1172/1-85
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCAGUUG
(((((..((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..))))))))))).. ( -34.30)
>194777_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4575/1-85
GACUGUCGAGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUACAUUCAAACUCUGCAACGUGAAACUGUCUUAAUUGCCCCAGUU
(((((..(.(..(((.((..(((((((((((((.(((.((......)).))).)))))))))))))..)).)))..)).))))) ( -31.80)
>194777_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1377/1-85
GACUGUCGAGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGUCCAUUUCAAACUCUGCAACAUGAAACUGUCUUAAUUGCCCCAGUU
(((((..(.(..(((.((..(((((((((((((.(((............))).)))))))))))))..)).)))..)).))))) ( -33.20)
>194777_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2404/1-85
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCAGUUG
(((((..((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..))))))))))).. ( -34.30)
>consensus
_ACUGGCCAGUGAUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUCCACCUCAAACUCGACAACACGAAACUGCCUUAAUUACCCCAGUU_
.(((((...((((((.(((((((((((((((((((((............))))))))))))))))))))).)))))).))))).. (-31.31 = -32.38 +   1.06) 

194777.rnaz

RNAalifold consensus structure

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