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Results for CNB 159939

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95        TGGTATCGTTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACC
159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95       CGGTATGGTTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAACGCATCCTCTTACC
159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95     TGGTATGGTTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACC
159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95 -GGTGTGTGTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGATGTCACACGTCAGCGATAACC
                                                    *** *   ****************************** *     **    *  * ***


159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95        CGGCTATTTCACGACACCAGGGTTGCATCATACCC
159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95       CGGCTATTTCACGACACCAGGGTTGCACCCTACCC
159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95     CGGCTATTTCACGACACCAGGGTTGCACCCTACCC
159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95 CGGCTATTTCACAACACCAGGGTGGCACCACACC-
                                                   ************ ********** *** *  *** 


//

159939.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 95
 Mean pairwise identity:  86.67
 Mean single sequence MFE: -44.95
 Consensus MFE: -41.29
 Energy contribution: -41.60
 Covariance contribution:   0.31
 Mean z-score:  -4.70
 Structure conservation index:   0.92
 SVM decision value:   2.77
 SVM RNA-class probability: 0.996954
 Prediction: RNA

######################################################################

>159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95
UGGUAUCGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCAUCAUACCC
.(((((.(.(((.((..(((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..))))))))))))).)).))).)))))). ( -41.00)
>159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95
CGGUAUGGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACCC
.((((.(((.((.((..(((((((((((((...(((((..(((.........))).....)))))..))))))))))))).)).))))).)))). ( -42.20)
>159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95
UGGUAUGGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACCC
.((((.(((.((.((..(((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..))))))))))))).)).))))).)))). ( -43.20)
>159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95
GGUGUGUGUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGAUGUCACACGUCAGCGAUAACCCGGCUAUUUCACAACACCAGGGUGGCACCACACC
((((((.((((..(..(((((((((((((...(((((.((((.(......).))))...)))))..))))))))))))).)..)))))))))) ( -53.40)
>consensus
UGGUAUGGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCAUACCC
.(((((((.(((..(..(((((((((((((...(((((......................)))))..))))))))))))).)..)))))))))). (-41.29 = -41.60 +   0.31) 

159939.rnaz

RNAalifold consensus structure

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