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Results for CNB 159939-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95        GGGTATGATGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGG
159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95       GGGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGTTGCTCGTCGG
159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95     GGGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGG
159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95 -GGTGTGGTGCCACCCTGGTGTTGTGAAATAGCCGGGTTATCGCTGACGTGTGACATCGG
                                                    ***  * *** ********** *************** *  *    **     * ****


159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95        CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAACGATACCA
159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95       CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAACCATACCG
159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95     CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAACCATACCA
159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95 CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCACACACACC-
                                                   **************************   * *** 

159939-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 95
 Mean pairwise identity:  86.67
 Mean single sequence MFE: -40.38
 Consensus MFE: -34.20
 Energy contribution: -35.45
 Covariance contribution:   1.25
 Mean z-score:  -3.17
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   2.60
 SVM RNA-class probability: 0.995615
 Prediction: RNA

######################################################################

>159939_ENSG00000070915_HUMAN_3276_3370/1-95
GGGUAUGAUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAACGAUACCA
.((((((.(((....(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).....))).).))))). ( -35.40)
>159939_ENSRNOG00000018607_RAT_4874_4968/1-95
GGGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGUUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAACCAUACCG
.((((.(((((....(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).....)).))).)))). ( -38.50)
>159939_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5059_5153/1-95
GGGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAACCAUACCA
.((((.(((((....(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).....)).))).)))). ( -37.70)
>159939_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2668_2760/1-95
GGUGUGGUGCCACCCUGGUGUUGUGAAAUAGCCGGGUUAUCGCUGACGUGUGACAUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCACACACACC
((((((((((....(((((((((((((.(((((((((((.(((....))))))).)))).))).))))))))))))).....)))).)))))) ( -49.90)
>consensus
GGGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAACCAUACCA
.((((((((((....(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).....))).))))))). (-34.20 = -35.45 +   1.25) 

159939-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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