Index >

Results for CNB 159932-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87        GGGTATGATGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGG
159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87       GGGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGTTGCTCGTCGG
159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87 -GGTGTGGTGCCACCCTGGTGTTGTGAAATAGCCGGGTTATCGCTGACGTGTGACATCGG
159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87     -GGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGG
                                                    ***  * *** ********** *************** *  *    **     * ****


159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87        CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAA
159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87       CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAA
159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87 CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCA-
159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87     CCTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAA
                                                   ************************** 

159932-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 87
 Mean pairwise identity:  87.91
 Mean single sequence MFE: -34.35
 Consensus MFE: -29.45
 Energy contribution: -30.08
 Covariance contribution:   0.62
 Mean z-score:  -2.28
 Structure conservation index:   0.86
 SVM decision value:   1.60
 SVM RNA-class probability: 0.967049
 Prediction: RNA

######################################################################

>159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87
GGGUAUGAUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
.....((.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).)). ( -31.80)
>159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87
GGGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGUUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
......(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. ( -33.70)
>159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87
GGUGUGGUGCCACCCUGGUGUUGUGAAAUAGCCGGGUUAUCGCUGACGUGUGACAUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCA
((.(((....)))))((((((((((((.(((((((((((.(((....))))))).)))).))).))))))))))))((....)). ( -39.00)
>159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87
GGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
.....(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. ( -32.90)
>consensus
_GGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
......(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. (-29.45 = -30.08 +   0.62) 

159932-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF