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Results for CNB 159914

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86        -TGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACCCGGCTATT
159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86     TTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACCCGGCTATT
159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86       TTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAACGCATCCTCTTACCCGGCTATT
159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86 GTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGATGTCACACGTCAGCGATAACCCGGCTATT
                                                    ****************************** *     **    *  * ***********


159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86        TCACGACACCAGGGTTGCATCATACC
159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86     TCACGACACCAGGGTTGCACCCTACC
159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86       TCACGACACCAGGGTTGCACCCTACC
159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86 TCACAACACCAGGGTGGCACCACACC
                                                   **** ********** *** *  ***


//

159914.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 86
 Mean pairwise identity:  88.18
 Mean single sequence MFE: -36.80
 Consensus MFE: -33.64
 Energy contribution: -33.45
 Covariance contribution:  -0.19
 Mean z-score:  -3.91
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   3.02
 SVM RNA-class probability: 0.998171
 Prediction: RNA

######################################################################

>159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86
UGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCAUCAUACC
((.((((((((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..)))))))))))..))))))).)).... ( -35.30)
>159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACC
.(((.((..(((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..))))))))))))).)).)))....... ( -35.20)
>159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACC
.(((.((..(((((((((((((...(((((..(((.........))).....)))))..))))))))))))).)).)))....... ( -33.90)
>159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86
GUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGAUGUCACACGUCAGCGAUAACCCGGCUAUUUCACAACACCAGGGUGGCACCACACC
((((..(..(((((((((((((...(((((.((((.(......).))))...)))))..))))))))))))).)..))))...... ( -42.80)
>consensus
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCAUACC
.(((..(..(((((((((((((...(((((......................)))))..))))))))))))).)..)))....... (-33.64 = -33.45 +  -0.19) 

159914.rnaz

RNAalifold consensus structure

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