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Results for CNB 159914-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86        GGTATGATGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGGC
159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86     GGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGCTGCTCGTCGGC
159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86       GGTAGGGTGCAACCCTGGTGTCGTGAAATAGCCGGGTAAGAGGATGCGTTGCTCGTCGGC
159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86 GGTGTGGTGCCACCCTGGTGTTGTGAAATAGCCGGGTTATCGCTGACGTGTGACATCGGC
                                                   ***  * *** ********** *************** *  *    **     * *****


159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86        CTGATTCACAACACCAGCTGCAGCA-
159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86     CTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAA
159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86       CTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAA
159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86 CTGATTCACAACACCAGCTGCAGCAC
                                                   ************************* 

159914-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 86
 Mean pairwise identity:  88.18
 Mean single sequence MFE: -34.78
 Consensus MFE: -29.45
 Energy contribution: -30.08
 Covariance contribution:   0.62
 Mean z-score:  -2.46
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   1.79
 SVM RNA-class probability: 0.977148
 Prediction: RNA

######################################################################

>159914_ENSG00000070915_HUMAN_3285_3369/1-86
GGUAUGAUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCA
....((.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).)) ( -31.00)
>159914_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-86
GGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
.....(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. ( -32.90)
>159914_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4967/1-86
GGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGUUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
.....(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. ( -33.70)
>159914_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2675_2760/1-86
GGUGUGGUGCCACCCUGGUGUUGUGAAAUAGCCGGGUUAUCGCUGACGUGUGACAUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAC
...(((.(((....(((((((((((((.(((((((((((.(((....))))))).)))).))).)))))))))))))..))).))) ( -41.50)
>consensus
GGUAGGGUGCAACCCUGGUGUCGUGAAAUAGCCGGGUAAGAGGAUGCGCUGCUCGUCGGCCUGAUUCACAACACCAGCUGCAGCAA
.....(.((((...(((((((.(((((.(((((((....(((.(.....).))).)))).))).))))).))))))).)))).).. (-29.45 = -30.08 +   0.62) 

159914-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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