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Results for CNB 149120-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


149120_ENSG00000103449_HUMAN_9515_9693/1-203    GCAGCGCGCATGTGTCCTGCTATAATTATGATTA----TCAATAATGCAT--TGCGATTA
149120_ENSMUSG00000031665_MOUSE_9663_9841/1-203 ACAGCGCGCATGTGTCCTGCTATAATTATGATTA----TCAATAATGCAT--TGCGATTA
149120_SINFRUG00000130323_FUGU_4948_5148/1-203  -CACCGCGCATGTGCCCCGTTATGATTATCAATAATGCTCTGTGATTAATCATACGAGGG
149120_ENSRNOG00000013907_RAT_9650_9827/1-203   -CAGCGCGCATGTGTCCTGCTATAATTATGATTA----TCAATAATGCAT--TGCGATTA
                                                 ** ********** ** * *** ***** * **    **  * **  **  * ***   


149120_ENSG00000103449_HUMAN_9515_9693/1-203    ATCA----TAGAGGGGCTCTTTGAAAGGCGATTGGCACCGGGCCAGC------GCTATTC
149120_ENSMUSG00000031665_MOUSE_9663_9841/1-203 ATCA----TAGAGGGGCTCTTTGAAAGGCGATTGGCACCGGGCCAGC------GCTATTC
149120_SINFRUG00000130323_FUGU_4948_5148/1-203  AGGAGGAGGAGGGGGGTTCTTTGAAAGGCGATTGGCAATTCGCCAGCCCCCCTCCTATTC
149120_ENSRNOG00000013907_RAT_9650_9827/1-203   ATCA----TAGAGGGGCTCTTTGAAAGGCGATTGGCATCGGGCCAGC------GCTATTC
                                                *  *     ** **** ********************    ******       ******


149120_ENSG00000103449_HUMAN_9515_9693/1-203    AAACCCGCTCGCCTTAATCAATTAGTTCGTGATTTGCTGCAGACCCCTGTCTCTC-CGC-
149120_ENSMUSG00000031665_MOUSE_9663_9841/1-203 AAACCCGCTCGCCTTAATCAATTAGTTCGTGATTTGCTGCAGACCCCTGTCTCTC-CGC-
149120_SINFRUG00000130323_FUGU_4948_5148/1-203  AAACGAAGTCTCTTTAATCAATTAGCTCCTGATTTGCTGGGGACTCTTGTCTCTCTCTCA
149120_ENSRNOG00000013907_RAT_9650_9827/1-203   AAACCCGCTCGCCTTAATCAATTAGTTCGTGATTTGCTGCAGACCCCTGTCTCTC-CGC-
                                                ****    ** * ************ ** **********  *** * ******** * * 


149120_ENSG00000103449_HUMAN_9515_9693/1-203    GCGCTGGCCCAATAAG------C
149120_ENSMUSG00000031665_MOUSE_9663_9841/1-203 GCGCTGGCCCAATAAG------C
149120_SINFRUG00000130323_FUGU_4948_5148/1-203  GCTCCTACCCAATGAGTTGATC-
149120_ENSRNOG00000013907_RAT_9650_9827/1-203   GCGCTGGCCCAATAAG------C
                                                ** *   ****** **       

149120-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 203
 Mean pairwise identity:  81.31
 Mean single sequence MFE: -61.32
 Consensus MFE: -36.45
 Energy contribution: -37.26
 Covariance contribution:   0.81
 Mean z-score:  -2.30
 Structure conservation index:   0.59
 SVM decision value:   0.80
 SVM RNA-class probability: 0.854045
 Prediction: RNA

######################################################################

>149120_ENSG00000103449_HUMAN_9515_9693/1-203
GCAGCGCGCAUGUGUCCUGCUAUAAUUAUGAUUAUCAAUAAUGCAUUGCGAUUAAUCAUAGAGGGGCUCUUUGAAAGGCGAUUGGCACCGGGCCAGCGCUAUUCAAACCCGCUCGCCUUAAUCAAUUAGUUCGUGAUUUGCUGCAGACCCCUGUCUCUCCGCGCGCUGGCCCAAUAAGC
.((((((((........(((...((((((((...........((...))((((((.....((((((...((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))).)))...)))))).......))))))))....)))(((....))).....))))))))........... ( -57.70)
>149120_ENSMUSG00000031665_MOUSE_9663_9841/1-203
ACAGCGCGCAUGUGUCCUGCUAUAAUUAUGAUUAUCAAUAAUGCAUUGCGAUUAAUCAUAGAGGGGCUCUUUGAAAGGCGAUUGGCACCGGGCCAGCGCUAUUCAAACCCGCUCGCCUUAAUCAAUUAGUUCGUGAUUUGCUGCAGACCCCUGUCUCUCCGCGCGCUGGCCCAAUAAGC
.((((((((........(((...((((((((...........((...))((((((.....((((((...((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))).)))...)))))).......))))))))....)))(((....))).....))))))))........... ( -58.00)
>149120_SINFRUG00000130323_FUGU_4948_5148/1-203
CACCGCGCAUGUGCCCCGUUAUGAUUAUCAAUAAUGCUCUGUGAUUAAUCAUACGAGGGAGGAGGAGGAGGGGGGUUCUUUGAAAGGCGAUUGGCAAUUCGCCAGCCCCCCUCCUAUUCAAACGAAGUCUCUUUAAUCAAUUAGCUCCUGAUUUGCUGGGGACUCUUGUCUCUCUCUCAGCUCCUACCCAAUGAGUUGAUC
....(((....)))...((.(((((((...(((......)))...)))))))))((((((((((.((((((((((((........(((((........))))))))))))))))).)))..(((((((((((..(((((.........)))))....))))))).)))))))))))(((((((.........))))))).. ( -72.10)
>149120_ENSRNOG00000013907_RAT_9650_9827/1-203
CAGCGCGCAUGUGUCCUGCUAUAAUUAUGAUUAUCAAUAAUGCAUUGCGAUUAAUCAUAGAGGGGCUCUUUGAAAGGCGAUUGGCAUCGGGCCAGCGCUAUUCAAACCCGCUCGCCUUAAUCAAUUAGUUCGUGAUUUGCUGCAGACCCCUGUCUCUCCGCGCGCUGGCCCAAUAAGC
((((((((........(((...((((((((...........((...))((((((.....((((((...((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))).)))...)))))).......))))))))....)))(((....))).....))))))))........... ( -57.50)
>consensus
_CAGCGCGCAUGUGUCCUGCUAUAAUUAUGAUUA____UCAAUAAUGCAU__UGCGAUUAAUCA____UAGAGGGGCUCUUUGAAAGGCGAUUGGCACCGGGCCAGC______GCUAUUCAAACCCGCUCGCCUUAAUCAAUUAGUUCGUGAUUUGCUGCAGACCCCUGUCUCUC_CGC_GCGCUGGCCCAAUAAG______C
.(((((((((.(.(((((.(((......((((((....((...............)).))))))....))).))))).).(((((((((((..(((.....)))(((......)))............)))))))..)))).............)))...((((....))))........))))))................. (-36.45 = -37.26 +   0.81) 

149120-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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