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Results for CNB 143739-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


143739_SINFRUG00000138200_FUGU_9524_9635/1-115      -CTGGTAGAAAATTTCACTTCAAAAGCAGCTG-AATTAGTCCGAGATTAAAGCCTTTGCC
143739_ENSMUSG00000039081_MOUSE_9374_9487/1-115     -CTGGCGAGGAAACTCACTTCAAAAGCAGCTGCACCGAGGGGGAGATTAAAGCCTTTGCC
143739_ENSRNOG00000014237_RAT_9547_9660/1-115       -CTGGCGAGGAAACTCACTTCAAAAGCAGCTGCACGGAGGGGGAGATTAAAGCCTTTGCC
143739_ENSDARG00000018492_ZEBRAFISH_9140_9253/1-115 ACTGGTAGAAATTTTCACTTCAAAAGCAGCTG-AATTAGTCCGAGATTAAAGCCCTTGCC
                                                     ****     *   ****************** *   **   ************ *****


143739_SINFRUG00000138200_FUGU_9524_9635/1-115      GCCTTCCAATCAAATGGGACCCTGAGGTGATTGGAGGGTCAAGGGGATGTGACG-
143739_ENSMUSG00000039081_MOUSE_9374_9487/1-115     GCCTTCCAATCAAATGGGAGCCCGAGGTGATTGGAGGGTCAAGGGGATGTGACGC
143739_ENSRNOG00000014237_RAT_9547_9660/1-115       GCCTTCCAATCAAATGGGAGCCCGAGGTGATTGGAGGGTCAAGGGGATGTGACGC
143739_ENSDARG00000018492_ZEBRAFISH_9140_9253/1-115 GCCTTCCAATCAAATGGGACCCCGAGGTGATTGGAGGGTCAAGGGGATGTGACGT
                                                    ******************* ** ******************************* 

143739-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 115
 Mean pairwise identity:  88.63
 Mean single sequence MFE: -38.60
 Consensus MFE: -33.28
 Energy contribution: -32.90
 Covariance contribution:  -0.38
 Mean z-score:  -1.73
 Structure conservation index:   0.86
 SVM decision value:   0.71
 SVM RNA-class probability: 0.829174
 Prediction: RNA

######################################################################

>143739_SINFRUG00000138200_FUGU_9524_9635/1-115
CUGGUAGAAAAUUUCACUUCAAAAGCAGCUGAAUUAGUCCGAGAUUAAAGCCUUUGCCGCCUUCCAAUCAAAUGGGACCCUGAGGUGAUUGGAGGGUCAAGGGGAUGUGACG
.............((((.((.............((((((...))))))..((((((..((((((((((((..(.((...)).)..)))))))))))))))))))).)))).. ( -33.30)
>143739_ENSMUSG00000039081_MOUSE_9374_9487/1-115
CUGGCGAGGAAACUCACUUCAAAAGCAGCUGCACCGAGGGGGAGAUUAAAGCCUUUGCCGCCUUCCAAUCAAAUGGGAGCCCGAGGUGAUUGGAGGGUCAAGGGGAUGUGACGC
...(((.(....)((((.((....((....)).((..((.((((........)))).))((((((((((((..(((....)))...))))))))))))...)).)).))))))) ( -41.20)
>143739_ENSRNOG00000014237_RAT_9547_9660/1-115
CUGGCGAGGAAACUCACUUCAAAAGCAGCUGCACGGAGGGGGAGAUUAAAGCCUUUGCCGCCUUCCAAUCAAAUGGGAGCCCGAGGUGAUUGGAGGGUCAAGGGGAUGUGACGC
...(((......(((.((((....((....))...))))..))).......((((((..((((((((((((..(((....)))...)))))))))))))))))).......))) ( -41.00)
>143739_ENSDARG00000018492_ZEBRAFISH_9140_9253/1-115
ACUGGUAGAAAUUUUCACUUCAAAAGCAGCUGAAUUAGUCCGAGAUUAAAGCCCUUGCCGCCUUCCAAUCAAAUGGGACCCCGAGGUGAUUGGAGGGUCAAGGGGAUGUGACGU
..............((((.((.............((((((...))))))..((((((..((((((((((((..(((....)))...)))))))))))))))))))).))))... ( -38.90)
>consensus
_CUGGCAAAAAAACUCACUUCAAAAGCAGCUG_AAUGAGGCCGAGAUUAAAGCCUUUGCCGCCUUCCAAUCAAAUGGGACCCCGAGGUGAUUGGAGGGUCAAGGGGAUGUGACGC
..............((((.((........((......)).............((((((..((((((((((((..(((....)))...)))))))))))))))))))).))))... (-33.28 = -32.90 +  -0.38) 

143739-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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