Index >

Results for CNB 134297_9

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004          -AGGGACGTTTTAATTGTCCGGATTAAGAAGGATACAATTTTCTTAGGATCAGAGGGGAG
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004             -AGGGAAGTTTTAATTGTCCGGATTAAGAAGGATACAATTTTCCGAGGATCAGAGGGACG
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004           GAGGAAACTTTTAATTGTG-GGATTA-GAAGGAGAGAGAATTTGTGGGATCAGAGGAAAA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004      CGGGAAAGTTTTAATTGCA-TGATTA-GCTG-AGCGGGA-TTAGAGGGA-CATTTGCCTG
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004            -AGGGACGTTTTAATTGTCCGGATTAAGAAGGATACAATTTTCTTAGGATCAGAGGGGAG


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004          CTTTGAAAAG-TAGTTTCCT-CAAAAAATCAAATCAAAGGTTTCGGTTCTGGAAAACATC
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004             TTTTGAAAAG-TAGTTTCCT-CATAAAATCAAATCAAAGGTTCCAGTTGTTGAAAACATC
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004           TTTCCAGGCA-GAGTTTCTTGCTTAAAATCGAATCAAAGGATTTGCGAGCTTAAAATGGC
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004      GTGGGATAGCCTAGATTTCC-ACTAAAA-CAC--CAAACTATGTGCTTGAGTGAAACACA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004            CTTTGAAAAG-TAGTTTCCT-CAAAAAATCAAATCAAAGGTTTTGGTTCTGGAAAACATC


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004          AAC----------AAAATCTCTTGGCTGGTTAATTGGAATTGCATCCAGTTCAGCAGCGG
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004             AAC----------AAAATCTCTTTGCTGGTTAATTGGAATCTCATCCAGTTCAGCAGCGG
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004           AACTGGCTTTTTCAACCCCCCCTCAATGTTTAATTGGAACTGCATCTAGTTCACC-----
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004      AACACTGAAAGG-AAAATCATTTTACACTTTAATTGGTTCCGTTTGTGGATCA-------
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004            AAC----------AAAATCTCTTGGCTGGTTAATTGGAATTGCATCCAGTTCAGCAGCGG


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004          ATCAAATCACCTCCAACAATTAATTTAGATTTAATTCTGTAATTATCAGCAAATCGAGTA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004             ATCAAATCACCTCCAACAATTAATTTAGATTTAATTCTGTAATTATCAGCAAATCGAGTA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004           --CAAATCATCCAAAACAATTAATTTTGATTTAATTCTATAATTATCATCAAATCGAATA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004      ----AATGACTTTCAACAATTAATTTACGTTTCACACTCTAATTATCTGTACATCGACTA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004            ATCAAATCACCTCCAACAATTAATTTAGATTTAATTCTGTAATTATCAGCAAATCGAGTA


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004          ATGTGCAAGTTAATTTAGATAGTTAAAAATTAACTTGCGTGAAGTTAATTGAGTAATTAA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004             ATGCGCAAGTTAATTTAGATAGTTAAAAATTAACTTGCGTGAAGTTAATTGAGTAATTAA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004           ATGTGCAACCTAATTTAGATAGTTAAAAATTAACGTGCGTGAAGTTAATTGAGTAATTAA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004      ATGTGCAGCTCAGTTATGATAGCTACAAATGAATTCACGTTACGTTAATTCAGCAATTAA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004            ATGTGCAAGTTAATTTAGATAGTTAAAAATTAACTTGCGTGAAGTTAATTGAGTAATTAA

134297_9.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  73.60
 Mean single sequence MFE: -69.16
 Consensus MFE: -25.33
 Energy contribution: -26.09
 Covariance contribution:   0.76
 Mean z-score:  -1.91
 Structure conservation index:   0.37
 SVM decision value:   0.68
 SVM RNA-class probability: 0.822028
 Prediction: RNA

######################################################################

>134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004
AGGGACGUUUUAAUUGUCCGGAUUAAGAAGGAUACAAUUUUCUUAGGAUCAGAGGGGAGCUUUGAAAAGUAGUUUCCUCAAAAAAUCAAAUCAAAGGUUUCGGUUCUGGAAAACAUCAACAAAAUCUCUUGGCUGGUUAAUUGGAAUUGCAUCCAGUUCAGCAGCGGAUCAAAUCACCUCCAACAAUUAAUUUAGAUUUAAUUCUGUAAUUAUCAGCAAAUCGAGUAAUGUGCAAGUUAAUUUAGAUAGUUAAAAAUUAACUUGCGUGAAGUUAAUUGAGUAAUUAA
..(((((.......)))))((((((((((((......)))))))))((((.((((..(((((....))))..)..))))............(((((((((..(((.((.....))..))).)))))).)))((((.(.(((((((......))))))).).)))).))))........)))..((((((((((.(((((....(((.......))).))))).........((((((((((((..........))))))))))))...))))))))))......... ( -69.50)
>134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004
AGGGAAGUUUUAAUUGUCCGGAUUAAGAAGGAUACAAUUUUCCGAGGAUCAGAGGGACGUUUUGAAAAGUAGUUUCCUCAUAAAAUCAAAUCAAAGGUUCCAGUUGUUGAAAACAUCAACAAAAUCUCUUUGCUGGUUAAUUGGAAUCUCAUCCAGUUCAGCAGCGGAUCAAAUCACCUCCAACAAUUAAUUUAGAUUUAAUUCUGUAAUUAUCAGCAAAUCGAGUAAUGCGCAAGUUAAUUUAGAUAGUUAAAAAUUAACUUGCGUGAAGUUAAUUGAGUAAUUAA
.((((((((.....(((((..........))))).))))))))((((....(((((((...((....))..).))))))................(((((...(((((((.....))))))).........((((.(.(((((((......))))))).).)))))))))......))))...((((((((((.(((((....(((.......))).))))).......((((((((((((((..........)))))))))))))).))))))))))......... ( -74.50)
>134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004
GAGGAAACUUUUAAUUGUGGGAUUAGAAGGAGAGAGAAUUUGUGGGAUCAGAGGAAAAUUUCCAGGCAGAGUUUCUUGCUUAAAAUCGAAUCAAAGGAUUUGCGAGCUUAAAAUGGCAACUGGCUUUUUCAACCCCCCCUCAAUGUUUAAUUGGAACUGCAUCUAGUUCACCCAAAUCAUCCAAAACAAUUAAUUUUGAUUUAAUUCUAUAAUUAUCAUCAAAUCGAAUAAUGUGCAACCUAAUUUAGAUAGUUAAAAAUUAACGUGCGUGAAGUUAAUUGAGUAAUUAA
(((....))).((((((((((((((((.(((((..(((((((.(((.......(((((...((((((...((((...((((.(((((.........)))))..))))...)))).))..))))..)))))......))).))).)))).....((((((....)))))).......)).)))....(((......))).))))))))))))))))........((((.((((.((((...((((((..........))))))...))))....)))).))))........ ( -58.72)
>134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004
CGGGAAAGUUUUAAUUGCAUGAUUAGCUGAGCGGGAUUAGAGGGACAUUUGCCUGGUGGGAUAGCCUAGAUUUCCACUAAAACACCAAACUAUGUGCUUGAGUGAAACACAAACACUGAAAGGAAAAUCAUUUUACACUUUAAUUGGUUCCGUUUGUGGAUCAAAUGACUUUCAACAAUUAAUUUACGUUUCACACUCUAAUUAUCUGUACAUCGACUAAUGUGCAGCUCAGUUAUGAUAGCUACAAAUGAAUUCACGUUACGUUAAUUCAGCAAUUAA
..........((((((((.....(((((((((..(((((((((.((((.....(((((((....))(((.......)))...)))))....)))).)....(((((((........((((((...(((((.((........)).))))).((((((.....)))))).))))))..((.....))..))))))).))))))))...(((((((......)))))))))))))))).............((((((.(((...))).)))))))))))))) ( -69.80)
>134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004
AGGGACGUUUUAAUUGUCCGGAUUAAGAAGGAUACAAUUUUCUUAGGAUCAGAGGGGAGCUUUGAAAAGUAGUUUCCUCAAAAAAUCAAAUCAAAGGUUUUGGUUCUGGAAAACAUCAACAAAAUCUCUUGGCUGGUUAAUUGGAAUUGCAUCCAGUUCAGCAGCGGAUCAAAUCACCUCCAACAAUUAAUUUAGAUUUAAUUCUGUAAUUAUCAGCAAAUCGAGUAAUGUGCAAGUUAAUUUAGAUAGUUAAAAAUUAACUUGCGUGAAGUUAAUUGAGUAAUUAA
..(((((.......)))))((((((((((((......)))))))))((((.((((..(((((....))))..)..))))............(((((((((((....((.....))....)))))))).)))((((.(.(((((((......))))))).).)))).))))........)))..((((((((((.(((((....(((.......))).))))).........((((((((((((..........))))))))))))...))))))))))......... ( -73.30)
>consensus
_AGGGAAGUUUUAAUUGUCCGGAUUAAGAAGGAUACAAUUUUCGUAGGAUCAGAGGGAAGCUUUGAAAAG_UAGUUUCCU_CAUAAAAUCAAAUCAAAGGUUUUGGUUGUGGAAAACAUCAAC__________AAAAUCUCUUGGCUGGUUAAUUGGAAUUGCAUCCAGUUCAGCAGCGGAUCAAAUCACCUCCAACAAUUAAUUUAGAUUUAAUUCUGUAAUUAUCAGCAAAUCGAGUAAUGUGCAAGUUAAUUUAGAUAGUUAAAAAUUAACUUGCGUGAAGUUAAUUGAGUAAUUAA
.(((((..((((((((.....))))))))....................((((((.....)))))).........)))))................................................................((((((.(((((((((((....))))))...........(((((...................))))).......)))))))))))...((((.((((.(((((((((((((..........)))))))))))))....)))).))))........ (-25.33 = -26.09 +   0.76) 

134297_9.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF