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Results for CNB 134297_9-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     TTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACAT
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        TTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCAT
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      TTAATTACTCAATTAACTTCACGCACGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACAT
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 TTAATTGCTGAATTAACGTAACGTGAATTCATTTGTAGCTATCATAACTGAGCTGCACAT
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       TTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACAT
                                                     ****** ** ******* * ***    ** **** ** *****  ** *    *** ***


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     TACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGAT
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        TACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGAT
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      TATTCGATTTGATGATAATTATAGAATTAAATCAAAATTAATTGTTTTGGATGATTTG--
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 TAGTCGATGTACAGATAATTAGAGTGTGAAACGTAAATTAATTGTTGAAAGTCATT----
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       TACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGAT
                                                     ** ***** *   ******** **  * ***   ************     * ***    


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134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 -------TGATCCACAAACGGAACCAATTAAAGTGTAAAATGATTTT-CCTTTCAGTGTT
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                                                            *** *   *       ********      *   *   **          ***


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134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        GATGTTTTCAACAACTGGAACCTTTGATTTGATTTTATG-AGGAAACTA-CTTTTCAAAA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      GCCATTTTAAGCTCGCAAATCCTTTGATTCGATTTTAAGCAAGAAACTC-TGCCTGGAAA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 TGTGTTTCACTCAAGCACATAGTTTG--GTG-TTTTAGT-GGAAATCTAGGCTATCCCAC
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       GATGTTTTCCAGAACCAAAACCTTTGATTTGATTTTTTG-AGGAAACTA-CTTTTCAAAG
                                                         ***           *   ****    * ****       ** **      *   * 


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134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        CGTCCCTCTGATCCTCGGAAAATTGTATCCTTCTTAATCCGGACAATTAAAACTTCCCT-
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      TTTTCCTCTGATCCCACAAATTCTCTCTCCTTC-TAATCC-CACAATTAAAAGTTTCCTC
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 CAGGCAAATG-TCCCTCTAA-TCCCGCT-CAGC-TAATCA-TGCAATTAAAACTTTCCCG
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       CTCCCCTCTGATCCTAAGAAAATTGTATCCTTCTTAATCCGGACAATTAAAACGTCCCT-
                                                         *   ** ***    **       * *  * *****    *********  * **  

134297_9-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  73.60
 Mean single sequence MFE: -61.90
 Consensus MFE: -23.12
 Energy contribution: -25.08
 Covariance contribution:   1.96
 Mean z-score:  -1.76
 Structure conservation index:   0.37
 SVM decision value:   0.15
 SVM RNA-class probability: 0.605648
 Prediction: RNA

######################################################################

>134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004
UUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCCAGAACCGAAACCUUUGAUUUGAUUUUUUGAGGAAACUACUUUUCAAAGCUCCCCUCUGAUCCUAAGAAAAUUGUAUCCUUCUUAAUCCGGACAAUUAAAACGUCCCU
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>134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004
UUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGAGAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCAACAACUGGAACCUUUGAUUUGAUUUUAUGAGGAAACUACUUUUCAAAACGUCCCUCUGAUCCUCGGAAAAUUGUAUCCUUCUUAAUCCGGACAAUUAAAACUUCCCU
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>134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004
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>134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004
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>134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004
UUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCCAGAACCAAAACCUUUGAUUUGAUUUUUUGAGGAAACUACUUUUCAAAGCUCCCCUCUGAUCCUAAGAAAAUUGUAUCCUUCUUAAUCCGGACAAUUAAAACGUCCCU
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>consensus
UUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUU__________GUUGAUGUUUUCCACAACCAAAACCUUUGAUUUGAUUUUAUG_AGGAAACUA_CUUUUCAAAACUCCCCUCUGAUCCUAAGAAAAUUGUAUCCUUCUUAAUCCGGACAAUUAAAACUUCCCU_
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134297_9-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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