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Results for CNB 134297_12-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     A--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAATAAAATCGCCCATC
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        A--GCAGGTGTCTGCAGCCATCTCCCCA--TCCAGATAA-AACTAATAAAATCGCCCATC
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      AATAAAGATGTTCACGGGATACGACCCAGCCCCAAATAAGACCTTATCAGGAC-AGCATC
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 CATAGAAAGTTTAAGATGAAATGGATTG--GGCTTTTTATAAATACTCATCTC-ACCCTG
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       A--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAATAAAATCGCCCATC
                                                          *    *                         * * *  *  * *   *   * * 


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     CAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACGAAATCAAATTTA--TTTTTAATT
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        CAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACAAAATCAAATTTA--TTTTTAATT
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      CAAC-TCTGATG-CTTCCTCAGC-AGCACAGA-ATCAAATTC-ATTTTT--TAATTAGGC
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 AAGCTTGCTTTTTAAACGTTAATCATAAATAACCATTAGTTCCAATAAAACATTTTAATT
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       CAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACGAAATCAAATTTA--TTTTTAATT
                                                      * *      *       * *      *   *     *  ** * *        ***   


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     AGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        AGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      GGCTAAATTAATAGGCGGCAGTTTAGGAGTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCACGTTA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 AAA-AAATCAATATACTACTTTTGAAGGTCTTAATTGCTGAATTAACGTAACGTGAATTC
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       AGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGTTA
                                                         **** ****  *  *  ** * *   ****** ** ******* * ***    ** 


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      ATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAATTATAGAATTAA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 ATTTGTAGCTATCATAACTGAGCTGCACATTAGTCGATGTACAGATAATTAGAGTGTGAA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATTAA
                                                     **** ** *****  ** *    *** ***** ***** *   ******** **  * **


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGCAATTCCAATTA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGAGATTCCAATTA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      ATCAAAATTAATTGTTTTGGATGATTTG-------GGTGAACTAGATGCAGTTCCAATTA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 ACGTAAATTAATTGTTGAAAGTCATT-----------TGATCCACAAACGGAACCAATTA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGCAATTCCAATTA
                                                     *   ************     * ***           *** *   *       *******

134297_12-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  73.22
 Mean single sequence MFE: -63.85
 Consensus MFE: -24.84
 Energy contribution: -27.48
 Covariance contribution:   2.64
 Mean z-score:  -2.16
 Structure conservation index:   0.39
 SVM decision value:   1.54
 SVM RNA-class probability: 0.963496
 Prediction: RNA

######################################################################

>134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004
AGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUA
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>134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004
AGCAGGUGUCUGCAGCCAUCUCCCCAUCCAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGAGAUUCCAAUUA
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>134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004
AAUAAAGAUGUUCACGGGAUACGACCCAGCCCCAAAUAAGACCUUAUCAGGACAGCAUCCAACUCUGAUGCUUCCUCAGCAGCACAGAAUCAAAUUCAUUUUUUAAUUAGGCGGCUAAAUUAAUAGGCGGCAGUUUAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCACGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAGGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCAAAAUUAAUUGUUUUGGAUGAUUUGGGUGAACUAGAUGCAGUUCCAAUUA
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>134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004
CAUAGAAAGUUUAAGAUGAAAUGGAUUGGGCUUUUUAUAAAUACUCAUCUCACCCUGAAGCUUGCUUUUUAAACGUUAAUCAUAAAUAACCAUUAGUUCCAAUAAAACAUUUUAAUUAAAAAAUCAAUAUACUACUUUUGAAGGUCUUAAUUGCUGAAUUAACGUAACGUGAAUUCAUUUGUAGCUAUCAUAACUGAGCUGCACAUUAGUCGAUGUACAGAUAAUUAGAGUGUGAAACGUAAAUUAAUUGUUGAAAGUCAUUUGAUCCACAAACGGAACCAAUUA
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>134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004
AGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUA
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>consensus
A__GCAGGUGUCUACAGGCAUCUCCCCA__UCCAGAUAA_AACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAAC_ACUGAUGUCAAUAUUACU_UUAAAUUA_CACAAAAUCAAAUUUA__UUUUUAAUUAGC_AAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUA
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134297_12-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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