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Results for CNB 134297_11-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ATCGCCCATCCAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACGAAATCAAATTTA-
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ATCGCCCATCCAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACAAAATCAAATTTA-
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      GAC-AGCATCCAAC-TCTGATG-CTTCCTCAGC-AGCACAGA-ATCAAATTC-ATTTTT-
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 CTC-ACCCTGAAGCTTGCTTTTTAAACGTTAATCATAAATAACCATTAGTTCCAATAAAA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ATCGCCCATCCAAC-ACTGATGTCAATATTACT-TTAAATTA-CACGAAATCAAATTTA-
                                                       *   * *  * *      *       * *      *   *     *  ** * *    


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     -TTTTTAATTAGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTC
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        -TTTTTAATTAGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTC
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      -TAATTAGGCGGCTAAATTAATAGGCGGCAGTTTAGGAGTTTAATTACTCAATTAACTTC
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 CATTTTAATTAAA-AAATCAATATACTACTTTTGAAGGTCTTAATTGCTGAATTAACGTA
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       -TTTTTAATTAGC-AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTC
                                                         ***       **** ****  *  *  ** * *   ****** ** ******* * 


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATT
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCATTACTCGATTTGCTGATAATT
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      ACGCACGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAATT
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 ACGTGAATTCATTTGTAGCTATCATAACTGAGCTGCACATTAGTCGATGTACAGATAATT
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATT
                                                     ***    ** **** ** *****  ** *    *** ***** ***** *   *******


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGCA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGAG
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      ATAGAATTAAATCAAAATTAATTGTTTTGGATGATTTG-------GGTGAACTAGATGCA
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 AGAGTGTGAAACGTAAATTAATTGTTGAAAGTCATT-----------TGATCCACAAACG
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATGCA
                                                     * **  * ***   ************     * ***           *** *   *    


134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004     ATTCCAATTAACCAGCCAAGAGATTTT----------GTTGATGTTTTCCAGAACCGAAA
134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004        ATTCCAATTAACCAGCAAAGAGATTTT----------GTTGATGTTTTCAACAACTGGAA
134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004      GTTCCAATTAAACATTGAGGGGGGGTTGAAAAAGCCAGTTGCCATTTTAAGCTCGCAAAT
134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004 GAACCAATTAAAGTGTAAAATGATTTT-CCTTTCAGTGTTTGTGTTTCACTCAAGCACAT
134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004       ATTCCAATTAACCAGCCAAGAGATTTT----------GTTGATGTTTTCCAGAACCAAAA
                                                        ********      *   *   **          ***    ***           * 

134297_11-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  73.18
 Mean single sequence MFE: -63.39
 Consensus MFE: -25.74
 Energy contribution: -27.26
 Covariance contribution:   1.52
 Mean z-score:  -1.89
 Structure conservation index:   0.41
 SVM decision value:   0.64
 SVM RNA-class probability: 0.807401
 Prediction: RNA

######################################################################

>134297_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5334_7205/1-2004
AUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCCAGAACCGAAA
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>134297_ENSG00000164853_HUMAN_5679_7549/1-2004
AUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGAGAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCAACAACUGGAA
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>134297_SINFRUG00000149320_FUGU_3658_5564/1-2004
GACAGCAUCCAACUCUGAUGCUUCCUCAGCAGCACAGAAUCAAAUUCAUUUUUUAAUUAGGCGGCUAAAUUAAUAGGCGGCAGUUUAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCACGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAGGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCAAAAUUAAUUGUUUUGGAUGAUUUGGGUGAACUAGAUGCAGUUCCAAUUAAACAUUGAGGGGGGGUUGAAAAAGCCAGUUGCCAUUUUAAGCUCGCAAAU
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>134297_ENSDARG00000018024_ZEBRAFISH_6522_8353/1-2004
CUCACCCUGAAGCUUGCUUUUUAAACGUUAAUCAUAAAUAACCAUUAGUUCCAAUAAAACAUUUUAAUUAAAAAAUCAAUAUACUACUUUUGAAGGUCUUAAUUGCUGAAUUAACGUAACGUGAAUUCAUUUGUAGCUAUCAUAACUGAGCUGCACAUUAGUCGAUGUACAGAUAAUUAGAGUGUGAAACGUAAAUUAAUUGUUGAAAGUCAUUUGAUCCACAAACGGAACCAAUUAAAGUGUAAAAUGAUUUUCCUUUCAGUGUUUGUGUUUCACUCAAGCACAU
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>134297_ENSRNOG00000001284_RAT_5363_7190/1-2004
AUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUUUCCAGAACCAAAA
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>consensus
AUCGCCCAUCCAAC_ACUGAUGUCAAUAUUACU_UUAAAUUA_CACAAAAUCAAAUUUA__UUUUUAAUUAGC_AAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUU__________GUUGAUGUUUUCCACAACCAAAA
..................(((((((((...........................................................((.((((((((((.......))))..))))))))..((((((((((((..........)))))))))))).......((..(((((((.........((((((..(((((........)))))..))))))...............((((......))))......)))))))..))..............))))))))).............. (-25.74 = -27.26 +   1.52) 

134297_11-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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