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Results for CNB 134270_20-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 GAAACCGTGCCTCTGGCGGAAAA-TGAGCATGTGCAATCAAGTAGACGTCACTGACCCCA
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        GGGTCGGGGGCGGCCGGAGCGCC-TCC-CCC-TCTGGC---CCGCCAGCCCCGGGGCCGT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TTAAGAGGA--TTTTGGAGCGCCTTCCTCCG-GATAACTGAATTTCACAGGCGTCGCCAA
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       -GGACAAGG--TGTTGAGGCACC-CAC-ACT-TCTAAC---ACCACCAAACTC-GGTTGC
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     GGGACAAGG--TGTTGAGGCACC-CAC-ACT-TCCAAT---ACCACCGAACTCGGGTTGC
                                                                    *  *                                         


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TTAACAGCAGGTGTTCAGATGTAACG-CCTA--ACCAAA-CA-AACTAATCAAAGCGCCC
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        CTAA--GCAGGTGTCTGCAGCCATCTCCCCA--TCCAGATAA-AACTAATAAAATCGCCC
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      CTAAATAAAGATGTTCACGGGATACGACCCAGCCCCAAATAAGACCTTATCAGGAC-AGC
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       CTAA--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAATAAAATCGCCC
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     CTAA--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAATAAAATCGCCC
                                                      ***    ** ***          *  ** *   * * *  * * ** ** *   *   *


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 ATCCAACACCGACGCCCGCATCAC-TAACATTACATAAAATCAAATTCATTTTTAATTAG
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        ATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACAAAATCAAATTTATTTTTAATTA-
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      ATCCAACTCTGATG-CTTCCTCAGCAGCACAGAATCAAATTC-ATTTTTTAATTAGGCG-
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       ATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAATCAAATTTATTTTTAATTA-
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     ATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAATCAAATTTATTTTTAATTA-
                                                     ******* * ** * *    * *         *    ** ** * **  *  ***     


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 GCTAGCAAATTAATACGCAACAGCTGAGGAGTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCGCGT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      GCT---AAATTAATAGGCGGCAGTTTAGGAGTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCACGT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACTTCACGCAAGT
                                                     **    ********* **  *** * ***  *************************  **


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TAATTTTTAACTATCTAAATTAAGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAATTATAGAATT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TAATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAATTATAGAATT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAATTACAGAATT
                                                     **********************  **** ***** ******** ********* ******

134270_20-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  73.45
 Mean single sequence MFE: -65.68
 Consensus MFE: -24.84
 Energy contribution: -27.72
 Covariance contribution:   2.88
 Mean z-score:  -1.96
 Structure conservation index:   0.38
 SVM decision value:   0.87
 SVM RNA-class probability: 0.870174
 Prediction: RNA

######################################################################

>134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687
GAAACCGUGCCUCUGGCGGAAAAUGAGCAUGUGCAAUCAAGUAGACGUCACUGACCCCAUUAACAGCAGGUGUUCAGAUGUAACGCCUAACCAAACAAACUAAUCAAAGCGCCCAUCCAACACCGACGCCCGCAUCACUAACAUUACAUAAAAUCAAAUUCAUUUUUAAUUAGGCUAGCAAAUUAAUACGCAACAGCUGAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCGCGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAAGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUU
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>134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687
GGGUCGGGGGCGGCCGGAGCGCCUCCCCCUCUGGCCCGCCAGCCCCGGGGCCGUCUAAGCAGGUGUCUGCAGCCAUCUCCCCAUCCAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUU
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>134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687
UUAAGAGGAUUUUGGAGCGCCUUCCUCCGGAUAACUGAAUUUCACAGGCGUCGCCAACUAAAUAAAGAUGUUCACGGGAUACGACCCAGCCCCAAAUAAGACCUUAUCAGGACAGCAUCCAACUCUGAUGCUUCCUCAGCAGCACAGAAUCAAAUUCAUUUUUUAAUUAGGCGGCUAAAUUAAUAGGCGGCAGUUUAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCACGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAGGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUU
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>134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687
GGACAAGGUGUUGAGGCACCCACACUUCUAACACCACCAAACUCGGUUGCCUAAGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUU
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>134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687
GGGACAAGGUGUUGAGGCACCCACACUUCCAAUACCACCGAACUCGGGUUGCCUAAGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUU
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>consensus
GGGACAGGG__UGUUGAGGCACC_UAC_CCU_UCUAAC___ACCACCGAACCCGGGCCGACUAA__GCAGGUGUCUACAGGCAUCUCCCCA__UCCAGAUAA_AACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUA_GC____AAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUU
...............((((....................................((((((((......((((((....))))))..................................((((.......))))...........................................................))))))))(((((((...........)))))))..))))..((((((((((((..........))))))))))))................................ (-24.84 = -27.72 +   2.88) 

134270_20-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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