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Results for CNB 134270_19-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 ACTGACCCCATTAACAGCAGGTGTTCAGATGTAACG-CCTA--ACCAAA-CA-AACTAAT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        CCGGGGCCGTCTAA--GCAGGTGTCTGCAGCCATCTCCCCA--TCCAGATAA-AACTAAT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      GCGTCGCCAACTAAATAAAGATGTTCACGGGATACGACCCAGCCCCAAATAAGACCTTAT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       CTC-GGTTGCCTAA--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAAT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     CTCGGGTTGCCTAA--GCAGGTGTCTACAGGCGTCTCCCCA--TCTAGATAA-AACTAAT
                                                                ***    ** ***          *  ** *   * * *  * * ** **


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 CAAAGCGCCCATCCAACACCGACGCCCGCATCAC-TAACATTACATAAAATCAAATTCAT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        AAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACAAAATCAAATTTAT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      CAGGAC-AGCATCCAACTCTGATG-CTTCCTCAGCAGCACAGAATCAAATTC-ATTTTTT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       AAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAATCAAATTTAT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     AAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAATCAAATTTAT
                                                      *   *   ******** * ** * *    * *         *    ** ** * **  *


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TTTTAATTAGGCTAGCAAATTAATACGCAACAGCTGAGGAGTTTAATTACTCAATTAACT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      AATTAGGCG-GCT---AAATTAATAGGCGGCAGTTTAGGAGTTTAATTACTCAATTAACT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTACTCAATTAACT
                                                       ***     **    ********* **  *** * ***  *******************


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TCACGCGCGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAAGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAA
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCATTACTCGATTTGCTGATAA
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TCACGCACGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACATTATTCGATTTGATGATAA
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAA
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGATTTGCTGATAA
                                                     ******  ************************  **** ***** ******** ******


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TTATAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGTGGATGATTTG-------ATACGACGAGATG
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATG
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TTATAGAATTAAATCAAAATTAATTGTTTTGGATGATTTG-------GGTGAACTAGATG
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATG
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCTGAACTGGATG
                                                     *** *********** ************   * *******            **  ****

134270_19-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  79.74
 Mean single sequence MFE: -65.52
 Consensus MFE: -31.54
 Energy contribution: -33.34
 Covariance contribution:   1.80
 Mean z-score:  -1.94
 Structure conservation index:   0.48
 SVM decision value:  -0.00
 SVM RNA-class probability: 0.532311
 Prediction: RNA

######################################################################

>134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687
ACUGACCCCAUUAACAGCAGGUGUUCAGAUGUAACGCCUAACCAAACAAACUAAUCAAAGCGCCCAUCCAACACCGACGCCCGCAUCACUAACAUUACAUAAAAUCAAAUUCAUUUUUAAUUAGGCUAGCAAAUUAAUACGCAACAGCUGAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCGCGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAAGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGUGGAUGAUUUGAUACGACGAGAUG
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>134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687
CCGGGGCCGUCUAAGCAGGUGUCUGCAGCCAUCUCCCCAUCCAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUG
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>134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687
GCGUCGCCAACUAAAUAAAGAUGUUCACGGGAUACGACCCAGCCCCAAAUAAGACCUUAUCAGGACAGCAUCCAACUCUGAUGCUUCCUCAGCAGCACAGAAUCAAAUUCAUUUUUUAAUUAGGCGGCUAAAUUAAUAGGCGGCAGUUUAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCACGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAGGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCAAAAUUAAUUGUUUUGGAUGAUUUGGGUGAACUAGAUG
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>134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687
CUCGGUUGCCUAAGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUG
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>134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687
CUCGGGUUGCCUAAGCAGGUGUCUACAGGCGUCUCCCCAUCUAGAUAAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUG
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>consensus
CCCGGGCCGACUAA__GCAGGUGUCUACAGGCAUCUCCCCA__UCCAGAUAA_AACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUA_GC____AAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUG
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134270_19-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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