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Results for CNB 134270_18-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 CA-AACTAATCAAAGCGCCCATCCAACACCGACGCCCGCATCAC-TAACATTACATAAAA
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        AA-AACTAATAAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACAAAA
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      AAGACCTTATCAGGAC-AGCATCCAACTCTGATG-CTTCCTCAGCAGCACAGAATCAAAT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       AA-AACTAATAAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAA
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     AA-AACTAATAAAATCGCCCATCCAACACTGATGTCAATATTACTTTAAATTACACGAAA
                                                      * * ** ** *   *   ******** * ** * *    * *         *    ** 


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TCAAATTCATTTTTAATTAGGCTAGCAAATTAATACGCAACAGCTGAGGAGTTTAATTAC
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TCAAATTTATTTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTAC
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TC-ATTTTTTAATTAGGCG-GCT---AAATTAATAGGCGGCAGTTTAGGAGTTTAATTAC
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TCAAATTTATTTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTAC
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TCAAATTTATTTTTAATTA-GC----AAATTAATAGGCGGCAGTTGAGGGTTTTAATTAC
                                                     ** * **  *  ***     **    ********* **  *** * ***  *********


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TCAATTAACTTCACGCGCGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAAGTTGCACATTATTCGAT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCGCATTACTCGAT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TCAATTAACTTCACGCACGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAGGTTGCACATTATTCGAT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       TCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGAT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     TCAATTAACTTCACGCAAGTTAATTTTTAACTATCTAAATTAACTTGCACATTACTCGAT
                                                     ****************  ************************  **** ***** *****


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 TTGATGATAATTATAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGTGGATGATTTG-------ATA
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        TTGCTGATAATTACAGAATTAAATCTAAATTAATTGTTGGAGGTGATTTGATCCGCTGCT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      TTGATGATAATTATAGAATTAAATCAAAATTAATTGTTTTGGATGATTTG-------GGT
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                                                     *** ********* *********** ************   * *******          


134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687 CGACGAGATGCCGCTCCAATTAAAGAAAAAGACGTGGCA----------CTACGGTGTTT
134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687        GAACTGGATGAGATTCCAATTAACCAGCAAAGAGATTTT----------GT-TGATGTTT
134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687      GAACTAGATGCAGTTCCAATTAAACATTGAGGGGGGGTTGAAAAAGCCAGT-TGCCATTT
134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687       GAACTGGATGCAATTCCAATTAACCAGCCAAGAGATTTT----------GT-TGATGTTT
134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687     GAACTGGATGCAATTCCAATTAACCAGCCAAGAGATTTT----------GT-TGATGTTT
                                                       **  ****    *********  *   *   *                *  *   ***

134270_18-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  80.55
 Mean single sequence MFE: -63.24
 Consensus MFE: -34.08
 Energy contribution: -35.72
 Covariance contribution:   1.64
 Mean z-score:  -2.14
 Structure conservation index:   0.54
 SVM decision value:   0.53
 SVM RNA-class probability: 0.771469
 Prediction: RNA

######################################################################

>134270_ENSDARG00000020961_ZEBRAFISH_5965_8474/1-2687
CAAACUAAUCAAAGCGCCCAUCCAACACCGACGCCCGCAUCACUAACAUUACAUAAAAUCAAAUUCAUUUUUAAUUAGGCUAGCAAAUUAAUACGCAACAGCUGAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCGCGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAAGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGUGGAUGAUUUGAUACGACGAGAUGCCGCUCCAAUUAAAGAAAAAGACGUGGCACUACGGUGUUU
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>134270_ENSG00000164853_HUMAN_5374_7839/1-2687
AAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCGCAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGAGAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUUGUUGAUGUUU
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>134270_SINFRUG00000149320_FUGU_3315_5852/1-2687
AAGACCUUAUCAGGACAGCAUCCAACUCUGAUGCUUCCUCAGCAGCACAGAAUCAAAUUCAUUUUUUAAUUAGGCGGCUAAAUUAAUAGGCGGCAGUUUAGGAGUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCACGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAGGUUGCACAUUAUUCGAUUUGAUGAUAAUUAUAGAAUUAAAUCAAAAUUAAUUGUUUUGGAUGAUUUGGGUGAACUAGAUGCAGUUCCAAUUAAACAUUGAGGGGGGGUUGAAAAAGCCAGUUGCCAUUU
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>134270_ENSRNOG00000001284_RAT_5040_7483/1-2687
AAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUU
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>134270_ENSMUSG00000029546_MOUSE_5013_7498/1-2687
AAAACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACGAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUAGCAAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCCAAGAGAUUUUGUUGAUGUUU
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>consensus
AA_AACUAAUAAAAUCGCCCAUCCAACACUGAUGUCAAUAUUACUUUAAAUUACACAAAAUCAAAUUUAUUUUUAAUUA_GC____AAAUUAAUAGGCGGCAGUUGAGGGUUUUAAUUACUCAAUUAACUUCACGCAAGUUAAUUUUUAACUAUCUAAAUUAACUUGCACAUUACUCGAUUUGCUGAUAAUUACAGAAUUAAAUCUAAAUUAAUUGUUGGAGGUGAUUUGAUCCGCUGCUGAACUGGAUGCAAUUCCAAUUAACCAGCAAAGAGAUUUU__________GU_UGAUGUUU
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134270_18-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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