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Results for CNB 124950

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

124950_ENSG00000164600_HUMAN_8350_8467/1-120    GATGCCAGATGATCAGTGCAGAATGAAGGTCCCAAGAGA-GAGGATCACATGGCTCTCTC
124950_ENSRNOG00000026055_RAT_7205_7320/1-120   GATGCCAGATGATCAGTGCAGAATGAAGGTCCCAAGAGA-G--GATCACATGGCTCTCTC
124950_ENSMUSG00000037984_MOUSE_8436_8550/1-120 -ATGCCAGATGATCAGTGCAGAATGAAGGTCCCAAGAGA-G--GATCACATGGCTCTCTC
124950_SINFRUG00000142404_FUGU_9535_9652/1-120  GCTGCCAGATGATCGGTGCGGCGCGGAGGTCCCGTGGGACGCCGAACACGTGGTCCCGGC
                                                  ************ **** *   * *******  * ** *  ** *** ***  *   *


124950_ENSG00000164600_HUMAN_8350_8467/1-120    TGCCCTGTGACGTCACTAGCAGATGGCATGGGTACCAGCT-CTGGCAGTTGGCATCAATG
124950_ENSRNOG00000026055_RAT_7205_7320/1-120   TGCCCTGTGACGTCACTAGCAGATGGCATGGGTACCAGCT-CTGGCAGTTGGCATCAATG
124950_ENSMUSG00000037984_MOUSE_8436_8550/1-120 TGCCCTGTGACGTCACTAGCAGATGGCATGGGTACCAGCT-CTGGCAGTTGGCATCAATG
124950_SINFRUG00000142404_FUGU_9535_9652/1-120  TGCCACAAGACGTCAGCGGCAGATGGCATCGGTACCCGCTACTGGCA-TGAGTGTCATT-
                                                ****    *******   *********** ****** *** ****** *  *  *** * 


//

124950.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 120
 Mean pairwise identity:  83.43
 Mean single sequence MFE: -44.83
 Consensus MFE: -30.59
 Energy contribution: -30.27
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -1.70
 Structure conservation index:   0.68
 SVM decision value:   0.23
 SVM RNA-class probability: 0.646642
 Prediction: RNA

######################################################################

>124950_ENSG00000164600_HUMAN_8350_8467/1-120
GAUGCCAGAUGAUCAGUGCAGAAUGAAGGUCCCAAGAGAGAGGAUCACAUGGCUCUCUCUGCCCUGUGACGUCACUAGCAGAUGGCAUGGGUACCAGCUCUGGCAGUUGGCAUCAAUG
((((((((.((.((((.((........(((((((((((((((..........))))))))(((((((..........))))..))).)))).))).)).)))))).)))))))).... ( -46.20)
>124950_ENSRNOG00000026055_RAT_7205_7320/1-120
GAUGCCAGAUGAUCAGUGCAGAAUGAAGGUCCCAAGAGAGGAUCACAUGGCUCUCUCUGCCCUGUGACGUCACUAGCAGAUGGCAUGGGUACCAGCUCUGGCAGUUGGCAUCAAUG
((((((((.((.((((.((........(((((((((((((..((....))..))))))(((((((..........))))..))).)))).))).)).)))))).)))))))).... ( -45.40)
>124950_ENSMUSG00000037984_MOUSE_8436_8550/1-120
AUGCCAGAUGAUCAGUGCAGAAUGAAGGUCCCAAGAGAGGAUCACAUGGCUCUCUCUGCCCUGUGACGUCACUAGCAGAUGGCAUGGGUACCAGCUCUGGCAGUUGGCAUCAAUG
(((((((.((.((((.((........(((((((((((((..((....))..))))))(((((((..........))))..))).)))).))).)).)))))).)))))))..... ( -40.90)
>124950_SINFRUG00000142404_FUGU_9535_9652/1-120
GCUGCCAGAUGAUCGGUGCGGCGCGGAGGUCCCGUGGGACGCCGAACACGUGGUCCCGGCUGCCACAAGACGUCAGCGGCAGAUGGCAUCGGUACCCGCUACUGGCAUGAGUGUCAUU
..((((((.((.((((((...(((((.....)))))...)))))).))((.(((.((((.(((((.....((....)).....))))))))).)))))...))))))........... ( -46.80)
>consensus
GAUGCCAGAUGAUCAGUGCAGAAUGAAGGUCCCAAGAGA_G__GAUCACAUGGCUCUCUCUGCCCUGUGACGUCACUAGCAGAUGGCAUGGGUACCAGCU_CUGGCAGUUGGCAUCAAUG
..((((((....(((........))).(((((((...........(((((.(((.......))).))))).((((........)))).)))).))).....))))))............. (-30.59 = -30.27 +  -0.31) 

124950.rnaz

RNAalifold consensus structure

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