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Results for CNB 119658

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74        AGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTAATAGTACC--AATCACTAACCAC
119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74       AGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTAATAGTACC--AATCACTAACCAC
119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74 -GTGTGGTCACCAGGCAGTGCAGTTAGTTGATTACAATCCATAAAGTAATCACTAACCTC
119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74     -GTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTAATAGTACC--AATCACTAACCAC
                                                    ** * ** ** ******** ****** ***** * *    **    *********** *


119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74        ACGGCCAGGTAAAA
119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74       ACAGCCAGGTAAAA
119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74 ACTACCAGGTGAA-
119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74     ACAGCCAGGTAAAA
                                                   **  ****** ** 


//

119658.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 74
 Mean pairwise identity:  84.21
 Mean single sequence MFE: -25.85
 Consensus MFE: -21.28
 Energy contribution: -21.22
 Covariance contribution:  -0.06
 Mean z-score:  -4.95
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   2.73
 SVM RNA-class probability: 0.996679
 Prediction: RNA

######################################################################

>119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74
AGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACGGCCAGGUAAAA
.......(((((.(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).))))).. ( -26.00)
>119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74
AGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAA
.......(((((.(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).))))).. ( -25.30)
>119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74
GUGUGGUCACCAGGCAGUGCAGUUAGUUGAUUACAAUCCAUAAAGUAAUCACUAACCUCACUACCAGGUGAA
......(((((.((.((((..((((((.((((((..........))))))))))))..)))).)).))))). ( -26.80)
>119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74
GUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAA
......(((((.(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).))))).. ( -25.30)
>consensus
_GUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACC__AAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAAA
.......(((((.(((.((((.(((((.(((((..............)))))))))).)))).))).))))).. (-21.28 = -21.22 +  -0.06) 

119658.rnaz

RNAalifold consensus structure

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