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Results for CNB 119658-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74        TTTTACCTGGCCGTGTGGTTAGTGATT--GGTACTATTAGCAATCAGCTAACTACACTGC
119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74       TTTTACCTGGCTGTGTGGTTAGTGATT--GGTACTATTAGCAATCAGCTAACTACACTGC
119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74 -TTCACCTGGTAGTGAGGTTAGTGATTACTTTATGGATTGTAATCAACTAACTGCACTGC
119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74     TTTTACCTGGCTGTGTGGTTAGTGATT--GGTACTATTAGCAATCAGCTAACTACACTGC
                                                    ** ******  *** ***********    **    * * ***** ****** ******


119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74        CTAGTAACTAGACT
119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74       CTAGTAACTAGACT
119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74 CTGGTGACCACAC-
119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74     CTAGTAACTAGAC-
                                                   ** ** ** * ** 

119658-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 74
 Mean pairwise identity:  84.21
 Mean single sequence MFE: -31.55
 Consensus MFE: -24.13
 Energy contribution: -23.82
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -6.49
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   1.37
 SVM RNA-class probability: 0.948821
 Prediction: RNA

######################################################################

>119658_ENSG00000183644_HUMAN_1100_1171/1-74
UUUUACCUGGCCGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACU
..((((..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))..))))....... ( -30.60)
>119658_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8931/1-74
UUUUACCUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACU
..((((..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))..))))....... ( -30.60)
>119658_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-74
UUCACCUGGUAGUGAGGUUAGUGAUUACUUUAUGGAUUGUAAUCAACUAACUGCACUGCCUGGUGACCACAC
.(((((.(((((((.(((((((((((((..........)))))).))))))).))))))).)))))...... ( -34.40)
>119658_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8861_8931/1-74
UUUUACCUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGAC
..((((..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))..))))...... ( -30.60)
>consensus
UUUUACCUGGCUGUGUGGUUAGUGAUU__GGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGAC_
..((((..(((.(((((((((((((((..............))))).)))))))))).)))..))))....... (-24.13 = -23.82 +  -0.31) 

119658-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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