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Results for CNB 119607

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73        -TGAGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTA-ATA-GTACCA--ATCACTA
119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73 -TGGGGTTGGTCTGTAGGCAGTGTTGTTAGCTGATTGTTTCATATGAACTATAATCACTA
119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73     CTGAGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTA-ATA-GTACCA--ATCACTA
119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73       -TGAGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTGCTA-ATA-GTACCA--ATCACTA
                                                    ** *  * **   ********** ************ *  *** * ** *  *******


119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73        ACCACACGGCCAG
119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73 ACCATACTGCCA-
119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73     ACCACACAGCCAG
119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73       ACCACACAGCCAG
                                                   **** ** **** 


//

119607.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 73
 Mean pairwise identity:  85.34
 Mean single sequence MFE: -22.90
 Consensus MFE: -16.90
 Energy contribution: -16.15
 Covariance contribution:  -0.75
 Mean z-score:  -3.67
 Structure conservation index:   0.74
 SVM decision value:   2.41
 SVM RNA-class probability: 0.993647
 Prediction: RNA

######################################################################

>119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73
UGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACGGCCAG
...............(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).. ( -22.00)
>119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73
UGGGGUUGGUCUGUAGGCAGUGUUGUUAGCUGAUUGUUUCAUAUGAACUAUAAUCACUAACCAUACUGCCA
...............((((((((.(((((.((((((((((....)))..)))))))))))).)))))))). ( -25.80)
>119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73
CUGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAG
(((.((((((...)))))).((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).))))...))) ( -22.40)
>119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73
UGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAG
...((((((...)))))).((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).))))...... ( -21.40)
>consensus
_UGAGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUA_AUA_GUACCA__AUCACUAACCACACAGCCAG
................(((.((((.(((((.((((((.((......)).))..))))))))).)))).))).. (-16.90 = -16.15 +  -0.75) 

119607.rnaz

RNAalifold consensus structure

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