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Results for CNB 119607-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73        CTGGCCGTGTGGTTAGTGAT--TGGTAC-TAT-TAGCAATCAGCTAACTACACTGCCTAG
119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73 -TGGCAGTATGGTTAGTGATTATAGTTCATATGAAACAATCAGCTAACAACACTGCCTAC
119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73     CTGGCTGTGTGGTTAGTGAT--TGGTAC-TAT-TAGCAATCAGCTAACTACACTGCCTAG
119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73       CTGGCTGTGTGGTTAGTGAT--TGGTAC-TAT-TAGCAATCAGCTAACTACACTGCCTAG
                                                    **** ** ***********  * ** * ***  * ************ ********** 


119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73        TAACTAGACTCA-
119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73 AGACCAACCCCA-
119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73     TAACTAGACTCAG
119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73       TAACTAGACTCA-
                                                     ** *  * ** 

119607-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 73
 Mean pairwise identity:  85.34
 Mean single sequence MFE: -25.70
 Consensus MFE: -19.58
 Energy contribution: -19.95
 Covariance contribution:   0.37
 Mean z-score:  -4.83
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   2.31
 SVM RNA-class probability: 0.992155
 Prediction: RNA

######################################################################

>119607_ENSG00000183644_HUMAN_1098_1165/1-73
CUGGCCGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACUCA
..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))............... ( -27.50)
>119607_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2243_2313/1-73
UGGCAGUAUGGUUAGUGAUUAUAGUUCAUAUGAAACAAUCAGCUAACAACACUGCCUACAGACCAACCCCA
.((((((...((((((((((....(((....)))..))))).)))))...))))))............... ( -20.30)
>119607_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8857_8925/1-73
CUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACUCAG
..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))................ ( -27.50)
>119607_ENSRNOG00000011228_RAT_8858_8925/1-73
CUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACUCA
..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))............... ( -27.50)
>consensus
CUGGCUGUGUGGUUAGUGAU__UGGUAC_UAU_UAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACUCA_
..(((.((((((((((((((..((.((......)).)))))).)))))))))).)))................ (-19.58 = -19.95 +   0.37) 

119607-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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