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Results for CNB 119596

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76          ------GTTTGTAGGCAGTGTCATTAGCTGATTGTACTGTGGTGGTTACAATCACTAACT
119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76     AGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTG--CTAA--TAGTACCAATCACTAACC
119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76 -GTGTGGTCACCAGGCAGTGCAGTTAGTTGATTA--CAATCCATAAAGTAATCACTAACC
119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76       AGTCTAGTTACTAGGCAGTGTAGTTAGCTGATTG--CTAA--TAGTACCAATCACTAACC
                                                         **    ********   **** *****   *            ********** 


119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76          CCACTGCCATCAAAAC
119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76     ACACAGCCAGGTAAA-
119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76 TCACTACCAGGTGAA-
119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76       ACACAGCCAGGTAAA-
                                                    ***  ***    ** 


//

119596.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 76
 Mean pairwise identity:  70.50
 Mean single sequence MFE: -25.80
 Consensus MFE: -24.52
 Energy contribution: -24.40
 Covariance contribution:  -0.12
 Mean z-score:  -4.86
 Structure conservation index:   0.95
 SVM decision value:   3.42
 SVM RNA-class probability: 0.999188
 Prediction: RNA

######################################################################

>119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76
GUUUGUAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUGUACUGUGGUGGUUACAAUCACUAACUCCACUGCCAUCAAAAC
.((((..(((((((...((((.((((((((((.....)).))))))))))))...)))))))..)))).. ( -25.80)
>119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76
AGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAA
.......(((((.(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).))))). ( -25.30)
>119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76
GUGUGGUCACCAGGCAGUGCAGUUAGUUGAUUACAAUCCAUAAAGUAAUCACUAACCUCACUACCAGGUGAA
......(((((.((.((((..((((((.((((((..........))))))))))))..)))).)).))))). ( -26.80)
>119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76
AGUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGCUAAUAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAA
.......(((((.(((.((((.(((((.((((((.((....)).))))))))))).)))).))).))))). ( -25.30)
>consensus
_GUCUAGUUACUAGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUG__CUAA__UAGUACCAAUCACUAACCACACAGCCAGGUAAA_
.......(((((.((((((((.(((((.((((((..((.....))...))))))))))).)))))))).))))).. (-24.52 = -24.40 +  -0.12) 

119596.rnaz

RNAalifold consensus structure

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