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Results for CNB 119596-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76          GTTTTGATGGCAGTGGAGTTAGTGATTGTAACCACCACAGTACAATCAGCTAATGACACT
119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76     -TTTACCTGGCTGTGTGGTTAGTGATTGGTACTA--TTAG--CAATCAGCTAACTACACT
119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76 -TTCACCTGGTAGTGAGGTTAGTGATTACTTTATGGATTG--TAATCAACTAACTGCACT
119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76       -TTTACCTGGCTGTGTGGTTAGTGATTGGTACTA--TTAG--CAATCAGCTAACTACACT
                                                    **    ***  ***  **********            *   ***** ****   ****


119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76          GCCTACAAAC------
119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76     GCCTAGTAACTAGACT
119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76 GCCTGGTGACCACAC-
119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76       GCCTAGTAACTAGACT
                                                   ****    **      

119596-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 76
 Mean pairwise identity:  70.50
 Mean single sequence MFE: -31.10
 Consensus MFE: -27.66
 Energy contribution: -26.85
 Covariance contribution:  -0.81
 Mean z-score:  -6.36
 Structure conservation index:   0.89
 SVM decision value:   2.09
 SVM RNA-class probability: 0.987742
 Prediction: RNA

######################################################################

>119596_ENSG00000183644_HUMAN_606_675/1-76
GUUUUGAUGGCAGUGGAGUUAGUGAUUGUAACCACCACAGUACAAUCAGCUAAUGACACUGCCUACAAAC
..((((..(((((((..(((((((((((((..........)))))))).)))))..)))))))..)))). ( -28.80)
>119596_ENSMUSG00000032057_MOUSE_8860_8930/1-76
UUUACCUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACU
.((((..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))..))))....... ( -30.60)
>119596_ENSDARG00000022411_ZEBRAFISH_2485_2556/1-76
UUCACCUGGUAGUGAGGUUAGUGAUUACUUUAUGGAUUGUAAUCAACUAACUGCACUGCCUGGUGACCACAC
.(((((.(((((((.(((((((((((((..........)))))).))))))).))))))).)))))...... ( -34.40)
>119596_ENSRNOG00000011228_RAT_8860_8930/1-76
UUUACCUGGCUGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUAUUAGCAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGACU
.((((..(((.((((((((((((((((.((....)).)))))).)))))))))).)))..))))....... ( -30.60)
>consensus
_UUUACCUGGCAGUGUGGUUAGUGAUUGGUACUA__AUAG__CAAUCAGCUAACUACACUGCCUAGUAACUAGAC_
..((((..((((((((((((((((((((...((.....))..)))))).))))))))))))))..))))....... (-27.66 = -26.85 +  -0.81) 

119596-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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