Index >

Results for CNB 118442-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


118442_ENSG00000161813_HUMAN_8784_8839/1-57        AATTTCTTGCCATACTTTGGCATTAGGATTTAAACCAGTTCCTTTAGATGCTACCT-
118442_ENSDARG00000018082_ZEBRAFISH_8472_8527/1-57 -ACTTCCTGCCACACTTTAGCATTGGGATTCAGACCAGCCCCCTTGGTGGTCACCTT
118442_ENSMUSG00000046236_MOUSE_9818_9873/1-57     AATTTCTTGCCATACTTTGGCATTAGGATTTAAACCAGTGCCTTTAGATGTCACCT-
118442_SINFRUG00000145244_FUGU_2792_2848/1-57      CATCTCCTGCCACACCTTGGCATTGGGGTTCAAACCGGCACCCTTGGAGGTGACCTT
118442_ENSRNOG00000013146_RAT_4861_4917/1-57       AATTTCTTGCCATACTTTGGCATTAGGATTTAAACCAGTGCCTTTAGATGTCACGTG
                                                    *  ** ***** ** ** ***** ** ** * *** *  ** ** *  *  ** * 

118442-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 57
 Mean pairwise identity:  79.09
 Mean single sequence MFE: -13.86
 Consensus MFE:  -7.86
 Energy contribution:  -7.26
 Covariance contribution:  -0.60
 Mean z-score:  -2.03
 Structure conservation index:   0.57
 SVM decision value:   0.66
 SVM RNA-class probability: 0.815804
 Prediction: RNA

######################################################################

>118442_ENSG00000161813_HUMAN_8784_8839/1-57
AAUUUCUUGCCAUACUUUGGCAUUAGGAUUUAAACCAGUUCCUUUAGAUGCUACCU
.......(((((.....))))).(((.(((((((........))))))).)))... ( -12.00)
>118442_ENSDARG00000018082_ZEBRAFISH_8472_8527/1-57
ACUUCCUGCCACACUUUAGCAUUGGGAUUCAGACCAGCCCCCUUGGUGGUCACCUU
..(((((((.........)))..))))....(((((.((.....)))))))..... ( -11.90)
>118442_ENSMUSG00000046236_MOUSE_9818_9873/1-57
AAUUUCUUGCCAUACUUUGGCAUUAGGAUUUAAACCAGUGCCUUUAGAUGUCACCU
.......((.(((.((..((((((.((.......))))))))...))))).))... ( -11.80)
>118442_SINFRUG00000145244_FUGU_2792_2848/1-57
CAUCUCCUGCCACACCUUGGCAUUGGGGUUCAAACCGGCACCCUUGGAGGUGACCUU
((((((((((((.....)))))..(((((((.....)).))))).)))))))..... ( -21.80)
>118442_ENSRNOG00000013146_RAT_4861_4917/1-57
AAUUUCUUGCCAUACUUUGGCAUUAGGAUUUAAACCAGUGCCUUUAGAUGUCACGUG
.......((.(((.((..((((((.((.......))))))))...))))).)).... ( -11.80)
>consensus
AAUUUCUUGCCAUACUUUGGCAUUAGGAUUUAAACCAGUGCCUUUAGAUGUCACCU_
...(((((((((.....)))))..))))............................. ( -7.86 =  -7.26 +  -0.60) 

118442-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF