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Results for CNB 110423

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109        AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109 AAGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTAATTTCTAAAAAGCTGTCTACA
110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109     AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109      -AGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTGATT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109       AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
                                                     ****** ************************* ****  ** ****** **********


110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109        TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACTAAGCCGCCAGCGCACAG
110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109 TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTTAGCATATTCAACCATGTACA-
110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109     TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACTAAGCCGCCAGTGTGTAC
110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109      TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTTAGCGTTTTCGCCTCTG-GTAC
110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109       TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACTAAACCGCCAGTGTGTAC
                                                    ************ ****** * ******  *     *  *   *   * 


//

110423.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 109
 Mean pairwise identity:  86.36
 Mean single sequence MFE: -31.22
 Consensus MFE: -28.48
 Energy contribution: -27.96
 Covariance contribution:  -0.52
 Mean z-score:  -2.92
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   3.72
 SVM RNA-class probability: 0.999560
 Prediction: RNA

######################################################################

>110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACUAAGCCGCCAGCGCACAG
...(((.(((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))).((((..((((....)))).)))))))).))) ( -32.10)
>110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109
AAGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUAAUUUCUAAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUUAGCAUAUUCAACCAUGUACA
(((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..)))))))).))))))).((((........))))... ( -32.70)
>110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACUAAGCCGCCAGUGUGUAC
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))))..................... ( -28.90)
>110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109
AGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUGAUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUUAGCGUUUUCGCCUCUGGUAC
((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..)))))))).))))))..(((....)))......... ( -33.50)
>110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACUAAACCGCCAGUGUGUAC
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))))..................... ( -28.90)
>consensus
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUU_CUAAAA_GCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACUAAGCCGCCAGUGUGUAC
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))))..................... (-28.48 = -27.96 +  -0.52) 

110423.rnaz

RNAalifold consensus structure

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