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Results for CNB 110423-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109        CTGTGCGCTGGCGGCTTAGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-
110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109 -TGTACATGGTTGAATATGCTAAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGCT
110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109     GTACACACTGGCGGCTTAGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-
110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109      GTAC-CAGAGGCGAAAACGCTAAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-
110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109       GTACACACTGGCGGTTTAGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-
                                                     *   *   *  *     *  ****** * ****** ********************** 


110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109        TTTTAG-AACCACTGCCTCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109 TTTTAGAAATTACTGTCTCAATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCTT
110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109     TTTTAG-AACCACTGCCTCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109      TTTTAG-AATCACTGTCTCAATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCT-
110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109       TTTTAG-AACCACTGCCTCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
                                                    ****** **  **** ************************* ****** 

110423-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 109
 Mean pairwise identity:  86.36
 Mean single sequence MFE: -25.45
 Consensus MFE: -20.90
 Energy contribution: -20.54
 Covariance contribution:  -0.36
 Mean z-score:  -1.89
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   0.96
 SVM RNA-class probability: 0.890824
 Prediction: RNA

######################################################################

>110423_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9169/1-109
CUGUGCGCUGGCGGCUUAGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
..((((...(((((.....((((((((.(.((((((..........)))))).).))))))...))....)))))......((((.......))))))))....... ( -24.70)
>110423_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3522_3629/1-109
UGUACAUGGUUGAAUAUGCUAAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUUAGAAAUUACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCUU
....((((......))))..(((((((...((((((..((((((.((((..((((((..............))))))..)))).))))))..))))))...))))))) ( -28.04)
>110423_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6224/1-109
GUACACACUGGCGGCUUAGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
........((((......))))((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...)))))). ( -21.90)
>110423_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1840/1-109
GUACCAGAGGCGAAAACGCUAAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAAUCACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCU
........((((....)))).((((((...((((((..((((((.((((..((((((............))))))..)))).))))))..))))))...)))))) ( -30.70)
>110423_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9875/1-109
GUACACACUGGCGGUUUAGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
........((((......))))((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...)))))). ( -21.90)
>consensus
GUACACACUGGCGGAUUAGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGC_UUUUAG_AACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.........(((......)))(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((..............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) (-20.90 = -20.54 +  -0.36) 

110423-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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