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Results for CNB 110374

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89        AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89      -AGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTGATT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89 -AGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTAATTTCTAAAAAGCTGTCTACA
110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89     -AGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89       -AGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
                                                    ****** ************************* ****  ** ****** **********


110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89        TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89      TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTT-
110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89 TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTTA
110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89     TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89       TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
                                                   ************ ****** * ****** 


//

110374.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 89
 Mean pairwise identity:  93.23
 Mean single sequence MFE: -28.96
 Consensus MFE: -27.56
 Energy contribution: -26.84
 Covariance contribution:  -0.72
 Mean z-score:  -4.67
 Structure conservation index:   0.95
 SVM decision value:   4.96
 SVM RNA-class probability: 0.999965
 Prediction: RNA

######################################################################

>110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))). ( -28.90)
>110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89
AGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUGAUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUU
((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..)))))))).)))))). ( -30.80)
>110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89
AGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUAAUUUCUAAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUUA
((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..)))))))).)))))).. ( -30.30)
>110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89
AGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
(((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))).. ( -27.40)
>110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89
AGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
(((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))).. ( -27.40)
>consensus
_AGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUU_CUAAAA_GCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
.(((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..))))))))..))))).. (-27.56 = -26.84 +  -0.72) 

110374.rnaz

RNAalifold consensus structure

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