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Results for CNB 110374-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89        CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCCTCA
110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89      -AAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AATCACTGTCTCA
110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89 TAAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTTAGAAATTACTGTCTCA
110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89     CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCCTCA
110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89       CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCCTCA
                                                    ****** * ****** ********************** ****** **  **** ****


110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89        ATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89      ATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCT-
110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89 ATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCT-
110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89     ATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCT-
110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89       ATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCT-
                                                   ********************* ****** 

110374-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 89
 Mean pairwise identity:  93.23
 Mean single sequence MFE: -21.97
 Consensus MFE: -18.96
 Energy contribution: -18.72
 Covariance contribution:  -0.24
 Mean z-score:  -3.68
 Structure conservation index:   0.86
 SVM decision value:   4.23
 SVM RNA-class probability: 0.999842
 Prediction: RNA

######################################################################

>110374_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-89
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110374_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-89
AAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAAUCACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCU
.((((((...((((((..((((((.((((..((((((............))))))..)))).))))))..))))))...)))))) ( -26.80)
>110374_ENSDARG00000022838_ZEBRAFISH_3523_3610/1-89
UAAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUUAGAAAUUACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCU
..((((((...((((((..((((((.((((..((((((..............))))))..)))).))))))..))))))...)))))) ( -26.64)
>110374_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6119_6204/1-89
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCU
..((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...)))))) ( -18.50)
>110374_ENSRNOG00000001886_RAT_9770_9855/1-89
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCU
..((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...)))))) ( -18.50)
>consensus
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGC_UUUUAG_AACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCU_
..((((((...(((((...((((((.((((..((.(((..............))).))..)))).))))))...)))))...)))))). (-18.96 = -18.72 +  -0.24) 

110374-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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