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Results for CNB 110355

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92        AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92     AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92 AAGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTAATTTCTAAAAAGCTGTCTACA
110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92      -AGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTGATT-CTAAAA-GCTGTCTACA
110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92       AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTT-CTAAAA-GCTGTCTACA
                                                    ****** ************************* ****  ** ****** **********


110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92        TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACT
110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92     TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACT
110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92 TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTTAGCA
110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92      TTAATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTTAGC-
110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92       TTAATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTGACT
                                                   ************ ****** * ******  * 


//

110355.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 92
 Mean pairwise identity:  92.18
 Mean single sequence MFE: -29.86
 Consensus MFE: -28.48
 Energy contribution: -27.96
 Covariance contribution:  -0.52
 Mean z-score:  -4.62
 Structure conservation index:   0.95
 SVM decision value:   5.12
 SVM RNA-class probability: 0.999974
 Prediction: RNA

######################################################################

>110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACU
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))).... ( -28.90)
>110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACU
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))).... ( -28.90)
>110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92
AAGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUAAUUUCUAAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUUAGCA
(((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..)))))))).))))))).... ( -31.80)
>110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92
AGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUGAUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUUAGC
((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..)))))))).)))))).... ( -30.80)
>110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACU
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))).... ( -28.90)
>consensus
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUU_CUAAAA_GCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUGACU
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((............)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))).... (-28.48 = -27.96 +  -0.52) 

110355.rnaz

RNAalifold consensus structure

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