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Results for CNB 110355-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92        AGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCC
110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92     AGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCC
110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92 TGCTAAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTTAGAAATTACTGTC
110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92      -GCTAAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AATCACTGTC
110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92       AGTCAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGC-TTTTAG-AACCACTGCC
                                                    *  ****** * ****** ********************** ****** **  **** *


110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92        TCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92     TCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92 TCAATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCTT
110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92      TCAATTATTGGAAATCACAATGCATTCAGCT-
110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92       TCAATTATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
                                                   ************************ ****** 

110355-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 92
 Mean pairwise identity:  92.18
 Mean single sequence MFE: -22.49
 Consensus MFE: -19.38
 Energy contribution: -19.34
 Covariance contribution:  -0.04
 Mean z-score:  -3.34
 Structure conservation index:   0.86
 SVM decision value:   4.16
 SVM RNA-class probability: 0.999820
 Prediction: RNA

######################################################################

>110355_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9152/1-92
AGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
....(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110355_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6207/1-92
AGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
....(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110355_ENSDARG00000010858_ZEBRAFISH_3607_3698/1-92
UGCUAAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUUAGAAAUUACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCUU
....(((((((...((((((..((((((.((((..((((((..............))))))..)))).))))))..))))))...))))))) ( -27.44)
>110355_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1823/1-92
GCUAAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAAUCACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCU
....((((((...((((((..((((((.((((..((((((............))))))..)))).))))))..))))))...)))))) ( -26.80)
>110355_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9858/1-92
AGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
....(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>consensus
AGUCAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGC_UUUUAG_AACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
....(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((..............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) (-19.38 = -19.34 +  -0.04) 

110355-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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