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Results for CNB 110345

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87    AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTTCTAAAAGCTGTCTACATT
110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87 AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTTCTAAAAGCTGTCTACATT
110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87   AAGCTGAGTGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGGCAGTGGTTCTAAAAGCTGTCTACATT
110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87  -AGCTGAATGCATTGTGATTTCCAATAATTGAGACAGTGATTCTAAAAGCTGTCTACATT
                                                ****** ************************* ***** ********************


110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87    AATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87 AATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87   AATGAAAAGAGCAATGTGGCCAGCTTG
110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87  AATGAAAAGAACAATGTAGTCAGCTT-
                                               ********** ****** * ****** 


//

110345.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 87
 Mean pairwise identity:  95.40
 Mean single sequence MFE: -29.37
 Consensus MFE: -28.99
 Energy contribution: -28.67
 Covariance contribution:  -0.31
 Mean z-score:  -4.49
 Structure conservation index:   0.99
 SVM decision value:   1.98
 SVM RNA-class probability: 0.984670
 Prediction: RNA

######################################################################

>110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))). ( -28.90)
>110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))). ( -28.90)
>110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))). ( -28.90)
>110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87
AGCUGAAUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGACAGUGAUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAACAAUGUAGUCAGCUU
((((((.((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..)))))))).)))))). ( -30.80)
>consensus
AAGCUGAGUGCAUUGUGAUUUCCAAUAAUUGAGGCAGUGGUUCUAAAAGCUGUCUACAUUAAUGAAAAGAGCAAUGUGGCCAGCUUG
((((((..((((((((..(((.((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)).)))..))))))))..)))))). (-28.99 = -28.67 +  -0.31) 

110345.rnaz

RNAalifold consensus structure

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