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Results for CNB 110345-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87    CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTAGAACCACTGCCTCAAT
110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87 CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTAGAACCACTGCCTCAAT
110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87   CAAGCTGGCCACATTGCTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTAGAACCACTGCCTCAAT
110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87  -AAGCTGACTACATTGTTCTTTTCATTAATGTAGACAGCTTTTAGAATCACTGTCTCAAT
                                                ****** * ****** ****************************** ***** ******


110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87    TATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87 TATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87   TATTGGAAATCACAATGCACTCAGCTT
110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87  TATTGGAAATCACAATGCATTCAGCT-
                                               ******************* ****** 

110345-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 87
 Mean pairwise identity:  95.40
 Mean single sequence MFE: -21.25
 Consensus MFE: -19.26
 Energy contribution: -19.32
 Covariance contribution:   0.06
 Mean z-score:  -3.39
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   1.90
 SVM RNA-class probability: 0.982021
 Prediction: RNA

######################################################################

>110345_ENSG00000128191_HUMAN_9063_9149/1-87
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110345_ENSMUSG00000022718_MOUSE_6118_6204/1-87
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110345_ENSRNOG00000001886_RAT_9769_9855/1-87
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) ( -19.40)
>110345_SINFRUG00000153636_FUGU_1736_1820/1-87
AAGCUGACUACAUUGUUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAAUCACUGUCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCAUUCAGCU
.((((((...((((((..((((((.((((..((((((............))))))..)))).))))))..))))))...)))))) ( -26.80)
>consensus
CAAGCUGGCCACAUUGCUCUUUUCAUUAAUGUAGACAGCUUUUAGAACCACUGCCUCAAUUAUUGGAAAUCACAAUGCACUCAGCUU
.(((((((...(((((...((((((.((((..((.(((............))).))..)))).))))))...)))))...))))))) (-19.26 = -19.32 +   0.06) 

110345-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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