Phylogenie der Stem-Loop-Struktur
Die phylogenetische Konservierung der Aktivator-Sequenz wurde mit Hilfe des Programms RNAalifold untersucht. Das Programm beruecksichtigt sowohl Sequenz- als auch Strukturinformationen.
Im Folgenden wurden zunaechst die phylogenetisch engsten Verwandten vom Homo sapiens untersucht und der Vergleich auf phylogenetisch entferntere Ordnungen ausgeweitet. Die einzeln untersuchten Ordnungen sind in den abgebildeten Stammbaeumen markiert.
Bei den Primaten wird die Stem-Loop-Struktur ueber die ganze Laenge der Aktivatorsequenz gebildet. Die Stem-Loop-Struktur geht um 4 Basen am 3'-Ende ueber die Aktivatorsequenz hinaus. Die gesamte Struktur ist stark konserviert (rote Markierung). Bei den Rodentia bildete sich ein langer Stem-Loop, der am 5'-Ende um 1 Base und am 3'-Ende um 3 Basen im Vergleich zur Aktivatorsequenz verlaengert ist. Der Stem ist strukturell weniger konsveriert als bei den Primaten (nachfolgende Abbildung). In den Primaten und Rodentia umfasst der Stem 19 bp. Beide Ordnungen zusammengefasst bilden die Superordnung Euarchontoglires, bei denen die Stem-Loop-Struktur gut konserviert ist.
Bei den Afrotheria bildet sich ein kuerzerer Stem (10 bp) nur ueber einen Teil der Aktivatorsequenz aus. Laurasiatheria zeichnen sich durch eine laengere Stem-Loop-Struktur aus (19 bp stem), wobei der Stem-Loop nicht von der gesamten Aktivatorsequenz gebildet wird (am 5'-Ende um 2 bp verkuerzt, am 3'-Ende um bp). Die Struktur ist deutlich laenger als bei den Afrotheria und aehnelt somit der Stem-Loop-Struktur der Euarchontoglires (nachfolgende Abbildung).
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Die Euarchontoglires, die Laurasiatheria sowie die Afrotheria bilden die Infraklasse der Eutheria. Es wurde erwartet, dass sich hier eine Stem-Loop-Struktur bildet, da sie in den Ordnungen konserviert ist. Die nachfolgende Abbildung zeigt jedoch, dass das Strukturalignment keine konservierte Stem-Loop-Struktur gefunden hat. Daraus ist zu schliessen, dass die Stem-Loop-Struktur in den einzelnen Ordnungen konserviert ist, aber zwischen den Ordnungen Unterschiede auftreten.
Zudem wurde untersucht, ob die Methateria eine Stem-Loop-Struktur besitzen. Diese zeigten beim Sequenzalignment starke Unterschiede zu allen anderen Arten. Eine Stem-Loop-Struktur bildete sich am Anfang der Sequenz und nicht im Bereich von 250 bp wie bei allen anderen Arten. Daher ist davon auszugehen, dass diese Stem-Loop-Struktur der Aktivatorsequenz willkuerlich zugeordnet wurde. Der Stem-Loop ist somit nicht in den Methateria konserviert. Alle anderen phylogenetisch entfernteren Arten fielen bereits beim Sequenzalignment aufgrund zu hoher e-Values raus.
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