Kink-Turns


  • Das Programm RMdetect sucht in multiplen Alignments nach den Motiven C-Loop (CL), GA-Tandem-Repeat, G-Bulged sowie nach Kink-Turns. Im multiplen Alignment im Stockholm-Format, das alle Metatheria einschliesst, traten GA-Repeats, Kink-Turns oder G-Bulged nicht mit signifikanter Haeufigkeit auf. Jedoch wurden C-Loops identifiziert, die hinsichtlich der Haeufigkeit und Basenpaarwahrscheinlichkeit ausreichende Werte zeigten, aber einen nicht ausreichenden Score von 16 (empirisch ermittelt fuer C-Loops) erreichten (Tabelle). Somit tritt das Motiv nicht signifikant in allen Metatheria auf. Da das Motiv vor allem in der Klasse der Primaten vorkam, wurde ein Alignment nur mit den Primaten erneut nach Motiven mit RMdetect durchsucht. Die erste C-Loop-Region wurde erneut identifiziert und trat bei allen Primaten ausser Pan troglodytes auf (Haeufigkeit: 85,71%), war aufgrund des Scores von 12,218 allerdings nicht signifikant. Interessanterweise befindet sich der C-Loop direkt upstream zur Aktivatorsequenz.
    Motiv Arten Haeufigkeit Score Sequenzposition
    CL Macaca mulatta, Microcebus murinus, Pan troglodytes,
    Pongo pygmaeus, Pongo albelii, Callithrix jacchus    		 20 12,098 395-421
    CL Macaca mulatta, Pan troglodytes, Pongo pygmaeus,
    Pongo albelii, Papio hamadryas, Tupaia belangeri,
    Mus musculus    		 23,3 12,07 836-730


    Die untere Abbildung zeigt das Primaten-Alignment mit der Aktivatorsequenz. Das C-Loop-Motiv ist umrahmt.
    Beim C-Loop handelt es sich um ein Sekundaerstrukturelement, welches in der rechten Abbildung gezeigt ist.

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