Ergebnisse Alignments <title> </head> <body style="font-family:'Arial'"> <h2>Ergebnisse </h2> <h3>Phylogenie und Genstruktur</h3> <dir> <li> Proteinsequenz des humanen P23 verwendet <li> Bestimmung der Genstruktur für P23 in verschiedenen Spezies <li> Suche nach Orthologen in Genome Browser (UCSC) <li> Suche nach verfügbaren mRNA-Sequenzen aller Orthologen (NCBI) </dir> <h4>Genstruktur von P23 in Homo sapiens</h4> <p align="center"><img width="700" src="human_P23_gene_structure.png" alt="Genstruktur"></p> <dir> <li> Genstruktur ist hochkonserviert <li> jedoch auch Paraloge, die keine Introns besitzen, gefunden <li> diese konnten über die Genstruktur ausgeschlossen werden </dir> <h4>Phylogenetische Verbreitung von P23 in Vertebraten</h4> <table align="center"> <tr> <td> <table border="1"> <tr><th>Spezies</th> <th>Proteinsequenz</th> <th>mRNA-Sequenz</th></tr> <tr> <td>Homo sapiens</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_mensch.pr">ja</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_homo_sapiens.fa">ja</a> </td> </tr> <tr> <td>Mus musculus</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_maus.pr">ja</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_mus_musculus.fa">ja</a> </td>/</tr> <tr> <td>Cavia porcellus</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> nein </td></tr> <tr> <td>Orycotlagus cuniculus</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_oryctolagus_cuniculus">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Bos taurus</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_bos_taurus">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Oncorhynchus mykissgi</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_oncorhynchus_mykissgi">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Taeniopygia guttata</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_taeniopygia_guttata">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Ovis aries</td> <td align="center"> nein </td> <td align="center"> nein </td> </tr> <tr> <td>Sus scrofa</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_wildschwein.pr">ja</a></td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_sus_scrofa">ja</a></td></tr> <tr> <td>Monodelphis domestica</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_opossum.pr">predicted</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_monodelphis_domestica">ja</a></td></tr> <tr> <td>Gallus gallus</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_huhn.pr">ja</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_gallus_gallus/">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Xenopus laevis</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_frosch.pr">ja</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_xenopus_laevis/">ja</a></td> </tr> <tr> <td>Danio rerio</td> <td align="center"> <a href="protein/protein_zebrafisch.pr">ja</a> </td> <td align="center"> <a href="mRNA/mRNA_danio_rerio/">ja</a> </td> </tr> <tr><td></td> <td align="center"> </td> <td align="center"> </td> </tr> </table> </td> <td width="50"> </td> <td><p align="right"><img width="500" src="Bilder/phylo_tree_compact.png" alt="Phylogenetische Verbreitung von P23"></p> </td> </tr> </table> <dir> <li> P23 ist in Vertebraten hochkonserviert <li> am weitesten vom Menschen entfernte Sequenzen konnten bei den Echten Knochenfischen (Teleostei) gefunden werden <li> in Pilzen und Pflanzen ähnliche Proteine mit starken Abweichungen in Sequenz und Genstruktur gefunden und daher ausgeschlossen </dir> <h3>Definieren einer vermuteten Aktivatorsequenz </h3> <dir> <h4>Suche nach weiteren Vertretern des Proteins in Metazoen</h4> <li> Abgleich von allen gefundenen Proteinsequenzen mit Genomdatenbank vom Server (<a href="Skripte/blastSkript.pl">blastScript.pl</a>) <br> ➪ Lokalisierung der Exons im Genom (als Blastoutput) <li> Auswahl und Sortieren signifikanter Hits (<a href="Skripte/tblastn_pipe.pl">tblastn_pipe.pl</a>, verwendete Parameter: a1 = 32, a2 = 98, b1 = 130, b2 = 172, eval = 10<sup>-10</sup>) <br> ➪ Koordinaten des ersten und des letzten Exons in Genomen verschiedener Spezies <li> Ausschneiden der vermuteten Aktivatorsequenz in der 5'UTR (<a href="Skripte/get_fastcmd.pl">get_fastcmd.pl</a>, fprime = 2000 nt, tprime = 200 nt) <br> ➪ genomische Sequenz, die das erste Exon, die Aktivatorsequenz und Introns enthalten sollte <li> Alignment mit ClustalW (<a href="Alignments/1 Genomsequenzen/">Vollständiges Alignment</a>) </dir> <p><img width="1249" src="Bilder/all_activator_stk.png" alt="Alignment 1"></p> <dir> <li> große Übereinstimmung innerhalb der Eutheria <br> ➪ diese Sequenzen ausgewählt für weitere Untersuchung <li> ausgewählte genomische Sequenzen mit gefundenen mRNAs <a href="Alignments/2 Mammals_vs_mRNA/">alignt</a> (manuell) <li> Blöcke mit Übereinstimmmung zwischen mRNA und genomischer Sequenz großzügig ausgeschnitten </dir> <p><img width="1249" src="Bilder/finalcut_stk_b1.png" </p> <p><img width="1249" src="Bilder/finalcut_stk_b2.png" </p> <table align="center"> <tr> <td width="250"> <a href="einleitung.htm">zurück zur Startseite</a> </td> <td width="50"> </td> <td width="250"> <a href="ergebnisse_strukturen.htm">weiter zu Strukturen</a></td> </tr> </table> </body> </HTML>