Einführung

Aufgabenstellung

In den Genomen verschiedener Teleosten sollen nicht-kodierende RNA Gene identifiziert werden. Mit Hilfe von Tools zur Bestimmung multipler genomweiter Alignments, Vorhersage von RNA Sekundärstrukturen und Sequenz-Struktur-basierten Vorhersage Methoden (z.B. RNAz) wurden ncRNA Kandidaten aus den Genomen extrahiert. Ziel des Praktikums ist es diesen Datensatz weiter zu analysieren.

Wissenswertes

ncRNA

Non-coding RNA sind RNA Molekuele die nicht in Proteine uebersetzt werden sondern schon nach der Transkription eine Funktion haben.

Bisher bekannte ncRNA sind z.B.:

microRNA
tRNA
rRNA
snRNA (splicosom)
snoRNA (editieren von rRNA)

Takifugu rubripes

The Japanese pufferfish Fugu rubripes has the shortest known genome of any vertebrate species. As vertebrates, fish and humans share not only the defining characteristic of a backbone, but also many basic anatomical and physiological similarities. The compact Fugu genome contains the same basic vertebrate blueprint as the human genome in a sequence seven times shorter. This difference is primarily due to the scarcity in Fugu of the large repeat-filled tracts that litter the human genome. The relative compactness of the Fugu genome simplifies the detection and analysis of both gene sequences and gene regulatory elements.

Der Fugu, Vertreter der Familie der Kugelfische, besitzt das kuerzeste bekannte Genom aller Wirbeltiere.