Ausschneiden

Mit den in 3.1 gefundenen Positionen der Hox-Cluster dienten zum Ausschneiden von Sequenz mit einer Länge von 500 bp vor den Genen mit fastacmd und fasta_call2.pl sowie Cutter1_3.pl und GgA.exons.cutter. Dabei nutzen wir für den HoxA-Cluster die schon bekannten Positionen, für die restlichen unsere.

In die weitere Bearbeitung haben wir die gefundenen Positionen von EVX nicht einbezogen. Ebenso wurden die folgenden, sich überschneidende Ergebnisse nicht weiter berücksichtigt:

DANIO_Dcl_gi|27362953|gb|AAN86981.1|\D4a	chr7
HOMO_Dcl_gi|23510366|ref|NP_002139.2|\D10	chr7
LATIMERIA_Bcl_gi|28629647|gb|AAO43029.1|\B4	chrUn
LATIMERIA_Ccl_Lm\C10	chrUn
LATIMERIA_Bcl_Lm\B3	chrUn
HOMO_Ccl_gi|7657166|ref|NP_055027.1|\C11	chrUn