blastall verwendet.
formatdb -i <.fasta> -V -o -p F -t <string>
blastall -i <.fasta> -o <output> -p blastn -d <db file> -m 8 -e 10e-3
Die Parameter bei formatdb bedeuten: -i: Input fasta Datei. -o: Schaue nach Sequenz IDs und erstelle Index. -p F: Sequenz besteht aus Nukleotiden. -t: Titel der DB Datei.
Wobei <.fasta> die Genomsequenz bei formatdb ist und die miRNA Sequenzen bei blastall. Der Parameter <db file> gibt die Datenbasis für die Suche an und ist identisch mit dem <.fasta> Parameter bei dem Aufruf von <formatdb>. Der E-Value wurde auf 10e-3 gesetzt. Umso höher der Wert, umso grösser auch die Toleranz beim Auffinden ähnlicher Sequenzen.